2011年12月3日，南方科技大學教育基金會召開理事會第一次會議，教育基金會理事會正式成立。
根據2011年7月頒布施行的《南方科技大學管理暫行辦法》第41條規定：南科大可按照國家、省、市有關規定設立基金會，接受社會捐贈，用於學校的辦學和 科學研究。深圳市南方科技大學教育基金會屬於非公募基金會，（英文譯名為South University of Science and Technology of China Education Foundation，縮寫為 SUSTCEF），其宗旨是：致力於加強南科大與國內外各界的聯繫和合作，擴大教育科研經費來源，實現辦學經費多元化，通過獎勵和資助，提高教師教學與科 研水平，幫助學生安心學業，鼓勵學生綜合發展，推動高等教育事業改革，促進南科大教學、科學研究和高新技術開發事業的發展。
南科大教育基金會由理事會、監事會、秘書處組成。理事會是基金會的最高權力機構；監事會負責檢查財務和會計資料，監督理事會遵守法律和章程的情況；秘書處是基金會常設辦事機構，在理事會領導下負責基金會的日常工作。
南科大教育基金會的主要工作職責是接受境內外社團、企業、商社及個人的捐贈，並根據學校需要和贈者意願設立資助項目，資助貧困生，承擔一定的災難捐助，獎 勵在教學、科學研究和高新技術開發等工作中做出貢獻的教職員工和學生，保障南科大教學、科研水平不斷提高，推動南科大教育改革持續向前發展。
