南京市水利工程建設管理中心（同時掛“南京市水利工程質量安全監督站”牌子）成立於2007年11月，是南京市水利局直屬的正處級差額撥款事業單位，內設辦公室、工務科和質量安全監督科，編制人數15人，現有人員14人，主要職責是：參與重點水利工程立項前的前期規劃、可研論證等工作；負責重點水利工程項目初步設計的技術審查工作；負責組織實施重點水利工程建設；負責組織水利工程施工圖審查、工程施工管理等工作；負責全市水利工程建設質量監督與安全監督的具體工作。
2014年6月，經市編辦批准，增掛“南京市水利財務中心”牌子，其主要承擔全市水利系統財務資金的計畫、使用、管理和監督工作。
2015年12月，根據寧編字﹝2015﹞82號文更名為南京市水務工程建設管理中心（南京市水務工程質量安全監督站、南京市水務財務中心)。
