南京市文化綜合執法總隊執法總隊為副局級、參公編制單位，內設機構有4個處室，負責組織指導、監督檢查區縣執法隊伍查處有關營業性演出、歌舞娛樂場所、音像製品、電影放映、電子遊戲機、網際網路上網服務營業場所及其他各類遊樂場所中的違法違規經營活動等。
1、辦公室
綜合協調總隊日常工作。組織起草重要檔案和綜合性材料；負責來信、來訪、文化行政綜合執法方面的舉報和投訴的受理及督辦工作；負責本市文化綜合執法宣傳工作；負責行政處罰案卷的審核、評查和報備工作；組織、指導市、區、縣文化行政執法隊伍建設和文化行政執法人員的法制與業務培訓考核工作；組織處置文化行政綜合執法領域重大突發性違法事件；依照法律規定，負責將市級文化行政綜合執法中涉嫌犯罪的相關案件移送有關部門處置。
2、一支隊
組織指導、監督檢查區縣執法隊伍查處有關營業性演出、歌舞娛樂場所、音像製品、電影放映、電子遊戲機、網際網路上網服務營業場所及其他各類遊樂場所中的違法違規經營活動；負責查處或組織查處全市有重大影響的違法案件，跨區縣重大案件，領導交辦和需要市直接查處案件。
3、二支隊
組織指導、監督檢查區縣執法隊伍查處有關各類文物違法違規行為、監管文物經營活動以及非物質文化遺產保護中的各類違法違規行為；負責查處或組織查處全市有重大影響的違法案件，跨區縣重大案件，領導交辦和需要市直接查處案件。
4、三支隊
組織指導、監督檢查區縣執法隊伍查處有關圖書、報紙、期刊、電子出版、網路出版、計算機軟體等方面的違法違規出版活動和印刷、複製、出版物發行中的違法違規經營活動，侵權盜版違法行為，廣播電影電視製作、經營、播放機構和設施設立中的違法違規行為，從事廣播電影電視製作、經營、傳播活動中的違法違規行為，損壞、破壞廣播電視設施、妨礙廣播電視設施安全，阻礙廣播電視設施設立的違法違規行為；負責查處或組織查處全市有重大影響的違法案件，跨區縣重大案件，領導交辦和需要市直接查處案件。
