南京審計大學理學院於2014年3月由原數學與統計學院與金融學院金融工程專業合併而成，金融工程研究中心掛靠學院。
理學院於2014年3月由原數學與統計學院與金融學院金融工程專業合併而成，金融工程研究中心掛靠學院。數學與統計學院前身是套用數學系，成立於 2003 年，開始招收套用數學專業（數理金融方向）學生。 2008 年，吸收合併統計教研室，成立了數學與統計學院，並於同年招收統計學專業學生。
學院下設機構有：套用數學系、統計學系、金融數學與工程系、公共教學部、數學與統計實驗室。數學學科為校新增碩士學位授予立項建設支撐學科，統計學學科被遴選為新增一級學科“十二五”省重點建設學科。
