南京古物保存所成立於民國六年(1917年)。民國十七年改歸國民政府教育部管理,民國二十五年改屬南京市政府,旋即撤銷。所長衛聚賢。該所除蒐集保存古代文物外,還參與野外發掘考古工作。該機構撤銷後,所藏文物移交中央博物院籌備處。