畜牧獸醫系創建於1960年,是學院的傳統優勢專業。根據現代畜牧業發展對人才的需求,進行了以職業能力培養為目標的“農業職業教育能力體系”改革,獲得農業部教育教學改革成果一等獎,是北京農業職業學院的主幹教學系部之一。
設有5個專業——畜牧獸醫專業、畜牧獸醫專業(動物醫學方向)、畜牧獸醫專業(寵物養護與疫病防治方向)、獸醫獸藥專業、實驗動物技術專業。其中,畜牧獸醫專業是國家教育部“高校高職高專專業教育教學改革”試點單位,北京市“現代化標誌專業”、“骨幹特色專業”、“國家級示範性建設專業”。2012年《畜牧獸醫專業“崗位輪動”人才培養模式的實踐與創新》獲第七屆北京市高等教育教學成果二等獎。
畜牧獸醫系師資力量雄厚。目前有教職員工53名,其中教授6名,推廣教授3名,副教授8名,推廣副教授5名,博士後1名、博士研究生4名、碩士研究生32名。5名教師被畜牧獸醫類行業選為理事,雙師型教師35名。多數專業教師現在擔任著行業或企業的技術廠長或技術顧問。
李玉冰主講的《動物疾病診療技術》獲國家級精品課程。張孝和主講的《養禽與禽病防治》課程、李志主講的《寵物疾病診治》課程獲北京市級精品課程。有11名教師擔任了教育部、農業部21世紀國家高職高專規劃教材的主編或編者,其中李志主編的《寵物疾病診治》高職教材被評為北京市精品教材。李玉冰主編的《動物疾病診療技術》,楊久仙主編的《動物營養與飼料加工》獲得了2007年度全國高等農業職業教育精品教材。楊久仙獲發明專利2項,外觀設計專利4項。近年來專業教師在國家級學術刊物上發表了專業學術論文500多篇,出版專業學術著作90多種。
畜牧獸醫系具有精良的體現職業教育特色的實習實訓條件。擁有畜牧獸醫類實驗室18個,液相色譜儀、氣相色譜儀、傅立葉紅外線檢測儀、全自動定氮儀等畜牧獸醫、動物醫學和分析化驗精良設備,在滿足教育教學、實訓和科研的同時,面向社會生產、技術和科研服務。畜牧獸醫系擁有目前華北地區規模最大的種雞廠、動物品種多樣的綜合畜牧場、教學動物醫院、動物胚胎移植套用技術中心、現代化種禽繁育中心、寵物馴養中心和獸藥生產與檢測實驗室等校內實訓基地,擁有三元綠荷、北京獸醫生物獸藥廠、北京愛牧家動物醫院等門類齊全而穩定充足的動物醫學、養殖業等實訓基地,完全滿足師生實踐教學、科學研究和對農民進行專業技術培訓需要。