基本介紹
- 書名：功能基因組學統計方法
- 作者：王琳，李雷著
- ISBN：978-7-5037-7756-1
- 出版社：中國統計出版社
- 出版時間：2016-05-20
基本信息,內容介紹,目錄,
基本信息
作者：王琳李雷著
出版社：中國統計出版社
ISBN:978-7-5037-7756-1
出版時間：2016-05-20
內容介紹
複雜疾病是在眾多遺傳因素和環境因素共同作用下發生的疾病，遺傳模式非常複雜，複雜疾病的發病機理及其治療的研究是一個非常重要的課題。本書詳細闡述了解析複雜疾病分子機制的一些功能基因組學統計方法。全書共分為六章。第一章基因晶片數據的正規化，第二章基因表達數據的統計推斷，第三章基因晶片數據分析的整體思路和框架，第四章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究簡介，第五章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的基因晶片數據正規化，第六章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的統計推斷。附錄A新型納米粒子[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的基因晶片數據正規化結果，附錄B術語辭彙表。
針對基因晶片數據的正規化問題，本書闡述了作者提出的利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化的方法，並介紹了作者提出的利用基因表達差異值的核密度估計圖來評價正規化的效果的方法。在進行基因晶片數據的正規化之後，本書推薦使用Wilcoxon秩和得分檢驗方法進行基因富集分析，並闡述了作者提出的一種對轉錄因子的有效調控進行推斷的方法，即BASE2.0方法。BASE2.0方法解決了原來的BASE方法中存在的由於正負表達差異數值尺度不一造成的數據淹沒問題。最後，本書將利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化的方法、Wilcoxon秩和得分檢驗方法和BASE2.0方法套用於新型納米粒子[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究的實際數據中，得到了很多有意義的生物發現。本書的研究結果為複雜疾病分子機制的研究提供了有效的工具和手段。
針對基因晶片數據的正規化問題，本書闡述了作者提出的利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化的方法，並介紹了作者提出的利用基因表達差異值的核密度估計圖來評價正規化的效果的方法。在進行基因晶片數據的正規化之後，本書推薦使用Wilcoxon秩和得分檢驗方法進行基因富集分析，並闡述了作者提出的一種對轉錄因子的有效調控進行推斷的方法，即BASE2.0方法。BASE2.0方法解決了原來的BASE方法中存在的由於正負表達差異數值尺度不一造成的數據淹沒問題。最後，本書將利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化的方法、Wilcoxon秩和得分檢驗方法和BASE2.0方法套用於新型納米粒子[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究的實際數據中，得到了很多有意義的生物發現。本書的研究結果為複雜疾病分子機制的研究提供了有效的工具和手段。
目錄
前言
第一章基因晶片數據的正規化
1.1 基因晶片技術簡介
1.1.1 基因表達過程
1.1.2 基因晶片技術
1.1.3 單通道基因晶片和雙通道基因晶片
1.2 基因晶片數據正規化的動機
1.3 基因晶片數據正規化的方法
1.3.1 基因晶片數據正規化方法簡介
1.3.2 利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化
1.3.3 利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化中參數估計的步驟
1.3.4 利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化中參數估計的方法
1.4 基因晶片數據正規化的評價
1.4.1 基因晶片數據正規化的評價角度
1.4.2 基因晶片數據正規化的評價工具——M-A圖
1.4.3 基因晶片數據正規化的評價工具——表達差異值的核密度估計圖
第二章基因表達數據的統計推斷
2.1 基因富集分析
2.1.1 基因富集分析的動機
2.1.2 基因富集分析的常用資料庫
2.1.3 基因富集分析的方法
2.1.4 基因富集分析結果的展示
2.2 轉錄因子調控推斷
2.2.1 轉錄因子及其調控作用
2.2.2 轉錄因子的常用資料庫
2.2.3 模體序列比對工具MAST
2.2.4 轉錄因子調控推斷的BASE方法
2.2.5 轉錄因子調控推斷的BASE2.0方法
第三章基因晶片數據分析的整體思路和框架
第四章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究簡介
4.1 [Gd@C82(OH)22]n簡介
4.2 乳腺癌簡介
4.2.1 癌症及其治療方法
4.2.2 乳腺癌及其亞型
4.2.3 MCF-7
4.3 [Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究成果綜述
4.3.1 富勒烯分子的抗癌機制簡介
4.3.2 [Gd@C82(OH)22]n的抗癌機制簡介
4.4 [Gd@C82(OH)22]n抗乳腺癌研究的基因晶片實驗
4.4.1 實驗方案
4.4.2 細胞培養
4.4.3 基因晶片實驗
4.4.4 實驗數據
4.5 [Gd@C82(OH)22]n抗乳腺癌研究的qRT-PCR實驗
4.5.1 實驗方案
4.5.2 實驗結果
第五章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的基因晶片數據正規化
5.1 基因晶片數據正規化的動機
5.2 利用簡單線性樣條模型進行基因晶片子塊正規化
5.3 基因晶片數據正規化的評價
5.4 從基因晶片正規化的評價看[Gd@C82(OH)22]n的低毒性
第六章[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的統計推斷
6.1 基因富集分析
6.1.1 利用Wilcoxon秩和得分方法進行基因富集分析
6.1.2 減弱蛋白質的加工
6.1.3 抑制細胞的生長和增殖
6.1.4 誘導細胞凋亡
6.1.5 從癌症固有的特點看[Gd@C82(OH)22]n的抗癌機制
6.2 轉錄因子調控推斷分析
6.2.1 利用BASE2.0方法進行轉錄因子調控推斷分析
6.2.2 以TP53為中心的細胞凋亡調控網路
6.2.3 其他重要的轉錄因子
6.3 內質網應激、TP53、細胞凋亡三者之間的關係
附錄A[Gd@C82(OH)22]n抗癌機制研究中的基因晶片數據正規化結果
附錄B術語辭彙表
