分子動力學模擬的理論與實踐

內容簡介

本書共11章：第1章為緒言；第2-4章為分子的經典力學模型，包括分子的物理模型、分子間相互作用以及常用分子力場；第5-8章為經典分子動力學模擬與第一性原理分子動力學模擬的基本原理與方法，包括分子體系的運動方程及其數值解、分子動力學模擬的技巧、MD模擬的統計力學基礎、第一性原理分子動力學模擬；第9章和第10章分別為分子動力學模擬的套用、分子力場的構建與MD模擬的套用實例；第11章為與MD模擬有關的其他分子模擬方法。

圖書目錄

序

前言

第1章緒言

1.1 分子動力學模擬的發展歷史

1.2 MD模擬的套用與意義

1.3 MD模擬的發展趨勢

第2章分子的物理模型

2.1 分子的物理模型在化學中的作用

2.2 原子、分子的幾何模型

2.3 分子的經典力學模型

2.4 分子的量子力學模型

第3章分子間相互作用

3.1 分子間相互作用與勢函式

3.2 分子間特殊勢函式

3.3 分子間相互作用的起源

3.4 氫鍵相互作用

3.5 常用分子間相互作用勢函式

3.6 無機巨分子物質的勢函式

3.7 金屬勢

3.8 近程相互作用和長程相互作用

第4章常用分子力場

4.1 水分子力場

4.2 分子力場的種類

4.3 MMn系列分子力場

4.4 全原子分子力場

4.5 聯合原子分子力場

4.6 量子化學分子力場

4.7 通用力場

第5章分子體系的運動方程及其數值解

5.1 分子體系的運動方程(牛頓第二定律)

5.2 分子體系的運動方程(哈密頓運動方程)

5.3 常微分方程的數值解

5.4 分子體系運動方程的求解思路

5.5 分子體系運動方程的數值解

5.6 剛體運動方程的解

5.7 約束動力學

第6章分子動力學模擬的技巧

6.1 周期性邊界條件

6.2 勢函式的計算技巧

6.3 長程力的計算

6.4 溫度和壓力控制技術

第7章 MD模擬的統計力學基礎

7.1 熱力學的基本概念

7.2 統計系綜和可實現狀態

7.3 各態歷經假設與MD模擬

7.4 體系可實現狀態數的估計

7.5 統計系綜的機率分布

7.6 非Hamilton體系的統計理論

7.7 演化算符與差分格式

第8章第一性原理分子動力學模擬

8.1 經典MD模擬的局限性

8.2 BOMD和CPMD模擬方法

8.3 平面波基函式

8.4 贗勢

8.5 PIMD模擬

8.6 質子在甲醇分子和水分子之間遷移過程的AIMD模擬

第9章分子動力學模擬的套用

9.1 MD模擬的計算機軟硬體

9.2 模擬體系分子模型的建立

分子動力學模擬的理論與實踐

基本介紹

內容簡介

圖書目錄

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