成像硬體,分析軟體,操作,
成像硬體
成像硬體用於獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬體有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單眼相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素解析度一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。拍照成像的菌落表面顏色、皺摺、凹陷較真實。其弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，因光照面到平皿中部、邊部的距離遠近不同，導致平皿面上各點的亮度不一致。若要選購拍照成像的，其分析軟體就一定要具有背景矯正功能，以便自動改善成像的效果。掃描成像與拍照燈箱的營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，掃描成像從成像硬體這個根本上解決了菌落目標的亮度不勻問題，然而其在菌落表面顏色的表現上遜於從平皿正面的拍照成像。以300dpi解析度（3482×2396像素成像）掃描6個90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單眼相機、卡片機拍照成像的速度相當。
分析軟體
分析軟體是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟體選型上要考慮，現在市場上一些產品的軟體功能主要有一下幾個方面：
圖像處理 | 圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強... |
圖像編輯 | 文字嵌入、圖形嵌入 |
統計功能 | 菌落智慧型識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、滑鼠單擊計數、顏色識別統計、人工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割... |
篩選功能 | 多色自動聚類、單色分類統計、指定多色篩選；污染菌（雜質）剔除、透明圈分析、雙圈特徵分析 |
測量功能 | 自動分析菌落直徑、面積等 精確測量長度、角度、面積等 |
數據管理 | 數據自動存儲、查詢、Excel導出 報表列印、資料庫許可權設定 |
高級功能 | 抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計、背景文字去除 |
現在科研、質檢部門對於菌落儀的要求也越來越高，上述軟體功能應該能夠滿足現在客戶的需要，但是對與一些特殊實驗套用面來說，在功能上還有待加強。除軟體功能，另外一點也不得不提，那就是操作。現在越來越講究人機結合的舒適性，講究產品功能的強大和操作的簡單化成反比。對用用戶來說才算是真正解放。
操作
全自動菌落計數儀就是為了減輕工作人員工作強度的，在現今的高技術下，若還需要估算才能測出菌落數的話，應是比較落後了。最好的是：能“不變應變”精準、穩定地傻瓜式操作的分析軟體，其對於菌落形態和樣品狀態的不確定性，能夠自動適應，以避免不斷地調節菌落分割參數，其最多由對話互動來擦除那些個污染部分，即可。
