全國農村綜合改革工作會議於2006年9月1日至2日在北京召開。回良玉主持會議。溫家寶在會上發表了題為《不失時機推進農村綜合改革為社會主義新農村建設提供體制保障》的講話。溫家寶強調，農業稅的取消，標誌著我國農村改革開始進入綜合改革的新階段。要充分認識農村綜合改革的重要性和艱巨性，按照鞏固農村稅費改革成果和完善社會主義市場經濟體制的要求，推進鄉鎮機構、農村義務教育和縣鄉財政管理體制改革，建立精幹高效的農村行政管理體制和運行機制、覆蓋城鄉的公共財政制度、政府保障的農村義務教育體制，促進農民減負增收和農村公益事業發展，全面推動社會主義新農村建設。農村綜合改革不僅涉及經濟領域的改革，而且涉及政治、社會、文化等領域的改革，是一次重大的制度創新和社會變革，要在試點的基礎上全面推進。有條件的地方要在全省範圍內開展試點，暫不具備條件的省份要進一步擴大市、縣試點範圍，力爭五年期間或更長一點時間基本完成鄉鎮機構、農村義務教育和縣鄉財政管理體制改革的任務。溫家寶指出，我國近30年的農村改革取得了巨大成功。農村改革的第一步，以家庭承包經營為核心，建立農村基本經濟制度和市場機制，保障農民生產經營自主權。第二步，以農村稅費改革為核心，統籌城鄉發展，調整國民收入分配關係。第三步，以促進農村上層建築變革為核心，實行農村綜合改革，解決農村上層建築與經濟基礎不相適應的一些深層次問題。這幾步改革貫穿一條紅線，就是保障農民的物質利益，維護農民的民主權利，解放和發展生產力。回良玉作總結講話。10月8日，國務院發出《關於做好農村綜合改革工作有關問題的通知》。
