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內胚層是胚胎中最內的一胚層，也叫內胚葉。
為後生動物發生過程所出現的胚層中，位於最內或最下的胚層。一般內胚層是在原腸形成時從外胚層分離出來的。在原腸期，內胚層構成原腸壁的全部或一部。在羊膜類，於
脊索中胚層管或原條出現之前，內胚層便在胚內作為胚盤下層而出現。內胚層除了形成消化管的主要部分外，在脊椎動物還分化出消化管附屬腺的肝臟、胰臟以及胸腺、甲狀腺等咽的衍生體。一般說來，內胚層細胞由於比其他胚層細胞所含的
卵黃多，所以細胞較大，特別是在端黃全裂卵，卵黃濃度在內胚層明顯地增多是普遍規律。
一般內胚層細胞較大，含卵黃多；外胚層細胞小，分裂快等。人們早就知道許多動物的卵質有區域性差異，例如卵子具有動、植物極之別，卵質各區域的卵黃顆粒、色
素顆粒、
細胞器以及核酸蛋白質等大分子的分布都是不均等的。這些物質可能影響各胚層進一步的分化。如柄海鞘卵子含黃色新月區物質的裂球將來形成
肌肉和間質細胞，含灰色新月區物質的裂球將來形成脊索和
神經組織，含透明區物質的裂球將來形成表皮，而含
植物極物質的裂球將來形成內胚層。
