個體發育與系統發育，所謂系統發育（phylogeny）是與個體發育相對而言的，它是指某一個類群的形成和發展過程。
植物的個體發育與系統發育
植物分類的基本單位是物種，每個物種又是由無數的個體組成。每一個體都有發生、生長、發育，以至成熟的過程，這一過程便稱為個體發育（ontogeny）。在植物發育過程中，除外部形態發生一系列的變化外，其內部結構也隨之出現組織分化，直到這一分化過程完全結束，才達到比較完善的地步。 所謂系統發育（phylogeny）是與個體發育相對而言的，它是指某一個類群的形成和發展過程。大類群有大類群的發展史，小類群有小類群的發展史，從大的方面看，如果研究整個植物界的發生與發展，便稱之為植物界的系統發育。同樣，也可以研究某個門、綱、目、科、屬的系統發育，甚至在一個包含較多種以下單位（亞種，變種）的種中，也存在種的系統發育問題。例如，在單子葉植物的菝葜科（Smilacaceae）中有各種類型的植物，有木本的、草本的，有直立的、攀緣的，有單花序的、也有複合花序的等等。這些類群之間在進化上有何聯繫？哪個類群較為原始？哪個類群較為進化？對這類問題的探討就是探討各類群的系統發育。種是分類的基本單位，但在種之下又有亞種、變種、變型，這說明在一個種的範圍內，也有變化和發展，這就是種的系統發育。同樣道理，綱、目、科、屬，各個分類等級均有其系統發育。 個體發育與系統發育，是推動生物進化的兩種不可分割的過程，系統發育建立在個體發育的基礎上，而個體發育又是系統發育的環節。在個體發育過程中，新一代的個體，既有繼承上一代個體特性的遺傳性，又有不同於上一代的變異性。種瓜得瓜，種豆得豆，這是遺傳性決定的。但世上找不到兩個完全相同的個體，即使是攣生兄弟，也有微小的差別，這就是變異性。自然界對新一代無數的大同小異的個體進行選擇，使有利於種族發生的變異得以鞏固和發展，由量的積累而到質的飛躍，這就產生出了新的物種。只要生命物質存在一天，這一過程就永遠不會休止。 在植物界中，任何高等植物的個體發育，都是從1個受精卵細胞開始的，這相當於進化過程中的單細胞階段；由此單細胞經過一系列的橫分裂成為短小的絲狀體，相當於絲狀藻階段；繼而出現了多方面的分裂，外形趨於複雜化，這與片狀藻和分枝絲狀藻階段大體相符；最後的內部出現組織分化，出現了維管組織，這又象徵進入了維管植物的階段。重演現象的發現，在進化論與有神論進行激烈爭論的19世紀，為進化論提供了有力的佐證。
