保護遺傳學是主要研究與滅絕風險相關的遺傳因素以及如何利用遺傳學管理方法降低物種滅絕風險的科學（FRANKLRAM R，2002），是保護生物學（Conservation biology）和分子遺傳學(Molecular genetics)的交叉學科。
保護遺傳學的主要研究目標是保護物種遺傳多樣性(Genetic diversity)和保持物種進化潛力(Evolutionary processes)。
其研究內容主要包括種群遺傳結構(Population genetic structure)、近親繁殖( Inbreeding)、遺傳變異(Genetic variation)、基因流(Gene flow)、雜交(Hybridization)、遷移(Migration)、親系關係(Kinship)、有效種群大小(Effective populationsize)、種群的亞分化(Population subdivision)以及進化顯著單元(Evolutionary Significant Unit,ESU)的確定等方面（Avise J C.1994）。
主要技術：同功酶、限制性片段長度多態性(Restriction fragment length polymorphisms，RFLP)、DNA指紋技術(DNA fingerprinting)、微衛星(Microsatellite)擴增、隨機擴增多態DNA(Randomamplified polymorphic DNA ,RAPD)及DNA序列測定(主要是線粒體DNA 上的一些基因片段)等。
研究方法：Patch-Scale Study；Landscape-scale Study。
