清同治四年(1865年)，中亞浩罕國軍事頭目
阿古柏，在英、俄帝國支持下，占據了南疆、北疆的部分地區，糾集土匪叛亂，殺害地方官吏，建立了所謂的“七城罕國”，接著把矛頭指向
新疆東北部的重鎮
巴里坤。清政府多次委派巴里坤總兵，均不敢赴任，後授何琯為巴里坤總兵。當時的新疆巴里坤，因
甘肅肅州回民起義，與內地的交通隔絕，糧餉不繼，成為一座孤城，危在旦夕。何琯日夜兼程赴任後，臨危不懼，率領士卒邊守城，邊種地，人馬自給自足，立於不敗之地，並瞅準時機，開城突擊，打得敵人措手不及，終於保全了巴里坤。
光緒元年(1875年)
左宗棠大軍西進，將巴里坤作為屯軍的根據地，何琯也因功調任
四川提督。後棄官歸田，定居張掖。何琯死後，巴里坤父老通過巡撫
陶模奏請朝廷允準．為他建造了祠堂，以紀念保城護民的輝煌功績。清末，隴上名人
劉爾忻也讚譽他是“籌邊良將”。
