低熔點型瓊脂糖是經過化學修飾的瓊脂糖,具有更高的篩過特性,更透明。是理想的DNA和RNA電泳產品,也適合組織培養細胞的克隆和病毒空斑分析。多糖鏈上引入羥乙基、甲氧基等基團後的瓊脂糖。由於其能在30℃左右成膠,約65℃熔化,熔化溫度低於大多數雙鏈DNA熔點。
瓊脂糖是線性的多聚物,基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連線起來的長鏈 。瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解,溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠,這是它具有多種用途的主要特徵和基礎。