京俄阿給旺波從明景泰五年(1454年)起，執掌西藏地方政權長達38年之久。他執政不久，內部不和，出現紛爭。明成化十七年(1481年)，噶瑪巴紅帽系的曲扎益西指使仁蚌巴諾爾布桑波之子袞桑巴及其幼子頓悅多吉父子二人，率領後藏軍隊l萬多人到達前藏，格魯派當時的施主柳吾宗宗本阿旺索南倫波及其子阿旺索南朗傑父子二人被迫出走。明弘治六年(1493年)，明孝宗皇帝授予京俄阿給旺波王位，但在送詔書和賞物的使者尚未抵藏之前，京俄阿給旺波已去世，因其子阿旺扎西札巴年幼，暫由紅帽系四世活佛卻扎益西和仁蚌巴諾爾布桑波之子措結多吉代理執政。在他們二人代理執政的9年間，由於受黑帽系七世活佛曲差嘉措蠱惑，他們兩人於弘治十一年(1498年)下令禁止色拉、哲蚌、噶丹等寺格魯派僧人參加拉薩祈願大法會。之後的20多年間，祈願大法會只有拉薩的噶舉派和薩迦派等寺廟的僧人參加。阿旺扎西札巴於弘治十二年(1499年)開始執政。弘治十六年(1503年)，仁蚌巴頓悅多吉遏制拉薩三大寺在拉薩以東的薩納地方修建噶瑪巴新寺。明嘉靖五年(1526年)，止貢禪師袞噶仁青督率工布和雪卡的軍隊，搶占在止貢和墨竹地區屬於噶丹寺的莊園，為此，止貢派和格魯派之間爆發戰爭。嘉靖十六年(1537年)，止貢派的軍隊在沃兒卡一帶掀起戰亂，止貢派奪取格魯派在止貢和墨竹一帶的大小18座寺院，並改變這些寺院的教派和僧人的帽色。此後許多年間，在止貢噶舉派盛行的地方，格魯派僧人只好做內外兩種顏色的僧帽，私下才能帶格魯派的黃色帽子。
