交錯式熱不對稱，亦稱巢式PCR。是指一種染色體步移技術。通過三個嵌套的特異性引物分別和簡併引物組合進行連續的PCR循環，利用不同的退火溫度選擇性地擴增目標片段，所獲得的片段可以直接用作探針標記和測序模板的技術。是根據已知DNA序列，分別設計三條同向且退火溫度較高的特異性引物，與經過獨特設計的退火溫度較低的簡併引物進行熱不對稱PCR反應。
通常情況下，其中至少有一種簡併引物可以與特異性引物之間利用退火溫度的差異進行熱不對稱PCR反應，一般通過三次巢式PCR反應即可獲取已知序列的側翼序列。如果一次實驗獲取的長度不能滿足實驗要求，還可以根據第一次步移獲取的序列信息，繼續進行側翼序列獲取。
