亞磷醯胺法

亞磷醯胺法

核酸化學合成的策略之一,合成核酸鏈的每一個循環是經過高效率且化學性質活潑的核苷酸3′-亞磷酸醯胺中間體,氧化後成為穩定的五價磷酸三酯。為目前最常用的DNA自動化固相合成方法。

中文名稱亞磷醯胺法
英文名稱phosphoramidite method
定  義核酸化學合成的策略之一,合成核酸鏈的每一個循環是經過高效率且化學性質活潑的核苷酸3′-亞磷酸醯胺中間體,氧化後成為穩定的五價磷酸三酯。為目前最常用的DNA自動化固相合成方法。
套用學科生物化學與分子生物學(一級學科),方法與技術(二級學科)

基本介紹

  • 中文名:亞磷醯胺法 
  • 外文名:phosphoramidite method 
  • 學科生物化學與分子生物學 
  • 功能:最常用的DNA自動化固相合成方法 
簡介,合成步驟,

簡介

當前引物合成基本採用固相亞磷醯胺三酯法。
亞磷醯胺三酯法合成dna片段,具有高效、快速的偶聯以及起始反應物比較穩定的特點。亞磷醯胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成的方向是由待合成引物的3'端向5'端合成的,相鄰的核苷酸通過3'→5'磷酸二酯鍵連線。

合成步驟

第一步是將預先連線在固相載體CPG上的活性基團被保護的核苷酸與三氯乙酸反應,脫去其5'-羥基的保護基團DMT,獲得游離的5'-羥基。
第二步,合成DNA的原料,亞磷醯胺保護核苷酸單體,與活化劑四氮唑混合,得到核苷亞磷酸活化中間體,它的3'端被活化,5'-羥基仍然被DMT保護,與溶液中游離的5'-羥基發生縮合反應。
固相亞磷醯胺法合成引物固相亞磷醯胺法合成引物
第三步,帶帽(capping)反應,縮合反應中可能有極少數5'-羥基沒有參加反應(少於2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑終止其後繼續發生反應,這種短片段可以在純化時分離掉。
第四步,在氧化劑碘的作用下,亞磷醯形式轉變為更穩定的磷酸三酯。
經過以上四個步驟,一個脫氧核苷酸被連線到固相載體的核苷酸上。再以三氯乙酸脫去它的5'-羥基上的保護基團DMT,重複以上步驟,直到所有要求合成的鹼基被接上去。合成過程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。
通過氨水高溫處理,連線在CPG上的引物被切下來,通過OPC,page等手段純化引物,成品引物用C18濃縮,脫鹽,沉澱。沉澱後的引物用水懸浮,測定OD260定量,根據定單要求分裝。

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