不同性質和類型的博物館分別由不同的行政部門分系統管理。綜合類博物館、歷史類博物館、文化藝術類博物館、紀念類博物館以及部分自然歷史類博物館屬文化部門領導管理；科技類博物館和部分自然歷史類博物館屬科學研究部門領導管理；學校博物館屬教育部門領導管理；地質、農業、紡織、煤炭、郵電、軍事等專門類博物館，分別屬有關專業部門領導管理。
管理體制,行政部門管理,經費補助,
管理體制
中國對博物館採取分系統和分級相結合的管理體制
根據博物館規模大小、藏品多少、社會地位和社會影響的不同， 分別由中央、省 (直轄市、自治區)、地(市)、縣(區)四級有關行政部門對之實行分級管理。國務院有關部門通過各省(直轄市、自治區)有關廳(局)對地方的博物館進行業務指導。文化部和國家文物事業管理局通過各省文化廳或文物局對文化系統的博物館進行業務指導。
行政部門管理
各級行政部門對直屬博物館的領導管理
主要是：檢查、督促執行國家頒發的有關管理博物館事業的方針、政策和法令；審批事業發展規劃和基本建設計畫；審查預算,核撥經費,批准決算；核定人員編制，任命館長；審定陳列展覽方案；審批藏品調撥、交換、註銷。
文化部和國家文物事業管理局對全國文化系統博物館進行業務指導，主要是：制訂管理博物館事業的方針、政策、條例、規定、辦法；組織交流業務工作的經驗；審核博物館所依託的重要古建築、紀念遺址和紀念建築物的維修保護方案,並作經濟、技術上的幫助;審批“一級藏品”的調撥和複製，並在技術上指導重點藏品的保護和修復；培訓業務和技術骨幹。
博物館的基本建設，凡屬中央的項目，由中央投資；部門的項目,由部門投資；地方的項目,由地方投資。業務經費，國家館由中央有關部門撥給，地方館由各該級地方財政撥給。
經費補助
國家文物事業管理局對全國文化系統博物館作有重點的經費補助。補助項目主要有 3個方面：①重點維修。依託於重點文物保護單位的博物館的有關古建築、紀念遺址、紀念建築物的維修費用；②重點徵集。特別珍貴的歷史文物、革命文物、民族文物、自然標本的徵集費用；③重點發掘。承擔考古發掘任務的博物館進行經國家批准的重點工程的考古發掘費用。這3項經濟補助,都通過各省(直轄市、自治區)文化行政部門統一申請，專項撥給。
