生物信息學中心成立於2000年六月，作為上海生命科學研究院內的重要支撐平台之一，中心主任為李亦學研究員。生物信息學中心的一個重要的工作是：面向生科院內部的課題組，根據相關的需求開展生物信息學的支撐工作，包括為生科院內外各課題組提供生物信息學相關的諮詢服務，幫助他們運用生物信息學的工具和方法來查詢，分析有關的實驗信息；根據有關研究組，中心等的實際需求來幫助其開發生物信息學套用系統和軟體；及時地將有關的新方法，系統介紹進來，開辦各種生物信息學培訓班，向廣大生物學工作人員介紹新的生物信息學知識，研究方法和手段以及軟體和系統的使用。
基本介紹
- 中文名：上海生命科學研究院生物信息學中心
- 成立時間：2000年
- 主任：李亦學研究員
- 地理位置：上海生命科學研究院內
中心簡介,中心人員組成,科研條件,
中心簡介
同時，中心的另一個任務是面向生物學上的熱點及關鍵問題，開展相關的生物信息學的研究工作。目前，一共有3個課題組，分工如下：
結構基因組信息分析課題組：蛋白質組學中的生物信息學研究；蛋白質－蛋白質相互作用網路分析、蛋白質結構與功能分析預測、基於基因組信息的藥物作用靶標發現與確證。
生物信息技術研發與服務課題組：負責生物信息資料庫建設，實驗室信息管理系統設計和開發，生物信息學分析軟體開發、安裝、升級和維護，生科院內外的生物信息學技術服務和技術支撐。
功能基因組信息分析課題組：基因組信息整合與分析，比較基因組研究、基因表達譜和基因調控網路分析。
中心人員組成
由二部分組成：受聘用的工作人員和研究生。目前，工作人員共有14人,其中高級科研人員4名，中級科研人員5名；博士生16名，碩士生4名，其中在職碩士生1名，各類具有生物和計算機背景的軟體編程人員11人。已經形成了一支初具規模，具有較高水平生物信息學研究和實踐經驗的研發隊伍。
作為中科院上海生命科學研究院的主要生物技術支撐平台，本中心在重大科研發展領域擔負著許多重大課題和服務項目。其中有：國家重大專項――國際人類肝臟蛋白質組學的生物信息學課題，多項國家973、863、中科院、上海市生物技術領域的重大、重點課題，同時與生科院外的多家院所合作開展生物信息學研究，其中包括人類基因組國家南方中心、上海第二醫科大學、上海交通大學、上海晶片公司、上海大學等，承擔了多種合作科研項目。生物信息中心已開發和在建的資料庫有：蛋白質功能注釋系統、核酸序列資料庫、生物晶片資料庫、蛋白質組學資料庫、人類單核苷酸多態性資料庫、中國基因研究統計資料庫、跨膜蛋白專門資料庫、電子克隆專家系統系、蛋白質跨膜區拓撲結構預測的生物信息學分析軟體。EMBL的集成化的資料庫檢索系統SRS軟體包已順利安裝在中心的伺服器上，所附帶的一百多個國際著名公開資料庫，如EMBL、NCBI、Swiss-Prot等已經實現日更新。因此，在資料庫的開發和管理上已積累了相當的經驗。本中心還參與了水稻基因組，鉤端螺旋體基因組的研究工作，有關水稻基因組的成果已經發表在<Science>雜誌上，鉤端螺旋體基因組的研究成果發表在<Nature>雜誌上，鉤端螺旋體蛋白質組的研究也積累了大量的數據。作為發表在<Science>上SARS病毒分子流行病學研究的共同第一作者參與了大量的抗SARS的研究工作。中心的網站已成為國內生物信息學領域最有影響的專業網站之一。
科研條件
中國科學院上海生命科學研究院生物信息中心目前已有SGI Altix350, 1.4GHz 32CPU 大型機一台, 128GB記憶體，6T磁碟陣列；SGI Origin 2000 8CPU的大型機一台，8G記憶體，720G硬碟, Dell PowerEdge 1750 伺服器一台，3.2GHz 10CPUs, 10G 記憶體, 750G 硬碟; 神威 新世紀伺服器一台，雙CPU 18節點, 680G硬碟, SGI O2 工作站3台，Blast、phrap並行化的軟體已經於2000年11月底通過調試安裝在中心的這台SGI大型機上。目前，安裝在中心的SGI大型機上的高可用性的Blast軟體HP-Blast 相對運算速度具國內首位。各類單、雙CPU PC伺服器40餘台，四節點、8CPU SGI PC-Cluster一台，16節點32CPU的SW-Cluster一台，峰值運算速度達到270億/秒，主要用於運行自主開發的並行化和高可用性和高速的SW-Blast軟體。基礎設施投入已達600多萬人民幣，結合SGI開發的並行最佳化的Blast、Phrap軟體，中心的計算能力和服務質量已有一定的保證。中心對於一些比較落後的計算設備正在進行改造升級, 同時增加一些必要的伺服器，以便更好地為科研提供優質服務。
大型計算器及其它伺服器的配置，各種生物信息學平台的建立為生科院深入開展生物信息學和計算生物學的研究打下了好的基礎。
