三總界六界系統是生物分類學中出現的一種比原有五界系統更為完善的系統（70年代我國學者陳世驤（1977）及國外一些學者提出）
陳世驤等認為，原五界分類系統把原生生物界列為一個中間階段，削弱了原核與真核兩個基本階段的對比性；在原核生物界和原生生物界內，也沒有考慮生態關係。為此，去掉原生生物界而成為兩總界五界分類系統：原核總界(分為細菌界和藍藻界)和真核總界(分為植物界、真菌界和動物界)；原來屬於原生生物界的生物，依情況分屬到植物界、真菌界和動物界；後又將原本沒有劃入系統的病毒界另立一總界。
