與DNA斑點雜交類似，每個樣品至多加10μg總RNA（經酚/氯仿或異硫氰酸胍提取純化）。方法是將RNA溶於5μlDEPC水，加15μl甲醛/SSC緩衝液（10×SSC中含0.15mol/l 甲醛）使RNA變性。然後取5～8μl點樣於處理好的濾膜上，烘乾。
培養細胞，標本處理技術可以簡化，不用提取和純化RNA。方法是用含0.5%Nonidet P40的低滲緩衝液對多種動物細胞作簡單處理，離心去掉細胞核和細胞碎片，就得到基本不帶DNA而富含RNA的細胞質提取物，這一粗RNA在高鹽下用甲醛變性，不需加工直接點到硝酸纖維素膜上。本法可以快速檢測大量標本，而只需極少量的細胞（5×104）或組織。
整個RNA實驗中，要防止激活內源性RNase，有許多種預防措施，有一種是在樣品中加入核糖核苷氧礬基複合物（RVC）。
