eDNA

eDNA

eDNA是指在環境樣品中所有被發現的不同生物的基因組DNA的混合。

2018年4月12日,美國華盛頓州立大學助理教授Caren Goldberg通過檢測環境DNA(eDNA),確證了全球第四隻斑鱉的存在。

基本介紹

  • 中文名:環境DNA
  • 外文名:eDNA
  • 存在:土壤、沉積物、排泄物
  • 特點:基因組DNA的混合
定義,作用,類型,套用,

定義

eDNA的環境樣品是一個非常寬鬆的概念,可以包括土壤、沉積物、排泄物、空氣、水體,甚至生物個體本身(如馬氏網捕獲的昆蟲)。動物在某個環境中生活,身上的各種痕跡會攜帶著自身DNA掉落到四周。

作用

作為一項技術,分析eDNA的目的就是獲取這些環境樣品中DNA所屬物種的分類學信息和基因功能信息。再講通俗一點,科學家提取環境樣品中的eDNA,就是為了分析這些DNA分別是屬於哪些物種,從而證實在相應環境中存在哪些物種。eDNA的目的,與傳統的動植物分類調查其實是一致的。

類型

第一類eDNA類似於對環境的生物多樣性調查,方法是檢測環境樣品中儘可能多的DNA序列,與資料庫比對分析它們所屬的物種分類信息,最終鑑定在這個環境中生活的所有物種,這個方法又被稱為DNA宏條形碼(DNA metabarcoding)。在樣品處理上,DNA宏條形碼使用普通的聚合酶鏈式反應(PCR)或直接霰彈槍法(shotgun strategy)測序,這兩個實驗方法都比較成熟,能夠方便獲得多個DNA序列。
另一類eDNA技術類似於特定生物調查,目標是尋找在環境樣本中是否有單一物種的DNA存在,通常用於研究和追蹤珍稀物種在自然界的分布。它與第一類DNA宏條形碼的區別在於它並不在意環境中屬於其它物種的DNA,因此在樣品處理上通常使用更精確的定量PCR(qPCR)技術,目標是找到極其少量的目標物種的DNA。

套用

2018年4月12日,全球最權威的龜鱉保育組織TSA(國際龜鱉生存聯盟,Turtle Survival Alliance )在官網上宣布確認全球第四隻斑鱉的存在。美國華盛頓州立大學助理教授Caren Goldberg通過檢測環境DNA(eDNA),確證了該斑鱉的存在。
斑鱉斑鱉

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