RMSD

RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。

基本介紹

• 中文名：均方根誤差
• 外文名：root-mean-square error

RMSD就是結果構象和目標構象的的偏差統計。RMSD計算前首先要把模擬結果構型進行平動和轉動，使之與目標構型（一般為初始結構）進行儘量的重合或部分重合，然後計算每個原子與目標構型的坐標的差值。計算每個原子與目標構型的坐標的差值(r_i,c -r_i,r)，c,r代表存儲構型和目標構型，i代表構型上的某個原子。RMSD就是這些差值的平方的平均，再開方。

RMSD是計算在某一時刻的構象與目標構象所有原子偏差的加和，對原子數的平均。每一幀有一個RMSD!因此是衡量體系是否穩定的重要依據 。