Ka/Ks,在遺傳學中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是異義替換(Ka)和同義替換(Ks)之間的比例。這個比例可以判斷是否有選擇壓力作用於這個蛋白質編碼基因。
基本介紹
- 外文名:Ka/Ks
- 所屬學科:遺傳學
Ka/Ks,在遺傳學中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是異義替換(Ka)和同義替換(Ks)之間的比例。這個比例可以判斷是否有選擇壓力作用於這個蛋白質編碼基因。
NVR和AAVR分析表明,nad2、atp8和nad6極有可能是蝗蟲線粒體基因組參與適應性進化的遺傳基礎;Ka/Ks分析顯示cob、nad2、nad3、nad5、nad4和nad1進化速率較快,可能在高原適應性過程中受到了選擇。 與蝗蟲適應性進化相關基因:cox...
基因組/基因的注釋,介紹了Coding和Non-Codoing基因的預測方法;SNP分析,介紹了常用的從生物學數據中尋找SNP的軟體;進化分析專題,介紹了幾種分子進化分析軟體,內容涉及進化樹的構建、Ka/Ks的計算等;基因表達分析專題,介紹了EST及...
Dnasp等軟體將獲取的R基因排列、分析,歸納為不同的基因類型和基因家族,分析它們核苷酸序列和胺基酸序列的變異,計算和比較不同的水稻品種、基因類型和基因家族中R基因的大小、數量、分布及重組方式等,選用適合的量化指標,如π、Ka/Ks...
在NCBI資料庫選擇與研究腸球菌菌株基因組序列同源性在95%以上參考序列進行比較基因組分析,物種進化分析,構建系統進化樹及Ka/Ks分析。並利用相關軟體及資料庫完成了以下分析:基因成分分析及基因預測,基因功能注釋(KEGG、COG、PAIDB),...
1.5.6 分析GP120的Ka/Ks比值和表位 1.6 追蹤禽流感病毒 1.6.1 禽流感病毒介紹 1.6.2 計算每個H5N1基因的Ka/Ks比值 1.6.3 針對HA蛋白質進行系統發育分析 1.6.4 利用多維變尺度可視化序列距離 1.6.5 在非洲和亞洲地圖上...
對這兩種螢火蟲發光器的比較轉錄組分析表明,發光器表達的基因序列在兩個物種中的進化比較保守,Ka/Ks的平均值小於0.05,提示兩種螢火蟲發光相關基因並沒有出現顯著分化。因此,這兩種螢火蟲可能不是研究性選擇對物種形成的作用和分子機制的...
4.1.7 分支特異性Ka/Ks率計算 4.1.8 SNP判讀和分布比較分析 4.1.9 群體歷史重建 4.2 結果與分析 4.2.1 共線性鑑定結果 4.2.2 片段複製分析結果 4.2.3 基因家族聚類分析結果 4.2.4 物種進化樹的構建結果 ...