常用生物數據分析軟體

《常用生物數據分析軟體》是2008年科學出版社出版的圖書，作者是王俊、叢麗娟、鄭洪坤。

基本介紹

• 書名：常用生物數據分析軟體
• 作者：王俊、叢麗娟、鄭洪坤
• 出版社：科學出版社
• 出版時間：2008年5月1日
• 裝幀：平裝
• 開本：16

內容簡介

全書共分8章，內容包括：Unix/Linux作業系統介紹，介紹了基本的Unix/Linux操作命令；數據的基本處理，介紹了如何處理常用的生物信息學數據；序列的比對，介紹了常用比對軟體的用法及其在套用過程中要注意的問題；基因組/基因的注釋，介紹了Coding和Non-Codoing基因的預測方法；SNP分析，介紹了常用的從生物學數據中尋找SNP的軟體；進化分析專題，介紹了幾種分子進化分析軟體，內容涉及進化樹的構建、Ka/Ks的計算等；基因表達分析專題，介紹了EST及生物晶片分析的流程和方法；蛋白質結構預測，介紹了蛋白質三維結構預測的流程及方法。

目錄

序

前言

第1章 Unix/Linux作業系統介紹

1.1 遠程登錄

1.2 檔案的複製、刪除和移動命令

1.3 目錄的創建、刪除及更改目錄命令

1.4 文本查看命令

1.5 文本處理命令

1.6 改變檔案或目錄的許可權命令

1.7 備份與壓縮命令

1.8 磁碟及系統管理

1.9 軟體安裝簡介

1.10 其他

第2章 數據的基本處理

2.1 數據常用格式介紹

2.2 測序原理介紹

2.3 華圖轉化（Phred）

2.4 檔案轉換（phd2fasta）

2.5 載體禁止（cross_match）

2.6 序列聚類拼接

2.7 Consed

2.8 引物設計（Primer3）

主要參考文獻

第3章 序列的比對

3.1 全局比對

3.2 局部比對

主要參考文獻

第4章 基因組/基因的注釋

4.1 重複序列分析

4.2 RNA分析

4.3 基因預測

4.4 基因功能注釋

主要參考文獻

第5章 SNP分析

5.1 Polyphred

5.2 SNPdetector

5.3 cross_match

主要參考文獻

第6章 進化分析專題

6.1 Phylip

6.2 Paml

6.3 KaKs_Calculator

6.4 FGF

6.5 MEGA

主要參考文獻

第7章 基因表達分析專題

7.1 EST表達序列標籤分析

7.2 生物晶片分析

7.3 Motif預測

主要參考文獻

第8章 蛋白質結構預測

8.1 蛋白質結構知識介紹

8.2 蛋白質結構預測方法

8.3 蛋白質結構預測的Threading方法

8.4 蛋白質三維結構預測流程介紹

主要參考文獻