為了支持Java腳本編程，Java SE 6支持JSR 223，這是一種提供了到Java內部進行存取的腳本語言的框架標準。你可以定位腳本引擎並且在運行時調用它們以運行腳本。該腳本編程API允許你為選擇的腳本語言提供Java支持。此外，該Web腳本框架允許腳本代碼在任何Servlet容器內生成Web內容。
對於Solaris 10用戶來說，Hotspot JVM for Solaris針對Solaris DTrace系統調試工具提供了鉤子機制以跟蹤和顯示內部JVM活動，例如垃圾收集、類載入、執行緒、鎖機制等。我在JavaOne上面得到有關這方面特徵的第一個演示程式，並因此為DTrace系統所提供的調試深度所深深吸引。當一個應用程式運行時，DTrace允許你在任何一處停止代碼，觀看所有已經載入的庫（而不僅僅是Java庫，也包括所有系統庫），並且能夠單步跟蹤到Solaris核心中（直到硬體層）。Java對於這種高級調試工具的新的支持使該工具非常適合於系統級上的調試。我現在還記得以前在JVM中出現Solaris Signal-8錯誤時的情況，如果當時有這種支持，那將會節省我大量的分析時間。
Web服務
Java SE 6包括一些新的API以支持Web服務開發。其中，XML數字簽名API允許你保護基於Java的Web服務——通過執行針對XML數據的加密操作。Java-XML Web服務（JAX-WS）2.0 API對以前命名為JAX-RPC的部分作了進一步更新。對於Java-XML綁定（JAXB）2.0的改進包括了對XML模式的支持和把類綁定到特定模式上。最後，針對於XML的流式API（StaX）提供了一種雙向的API以便經由事件流讀寫XML-包括跳過節的能力以及能夠直接針對文檔的子節進行操作。
長期以來，Java被認為是一種基於伺服器端軟體的優秀語言，但是只能作為一種二流的桌面GUI套用開發工具。Sun的Java桌面開發小組一直在致力於改變這種局面。在Java SE 6中他們成功的把Java與其所運行的主機系統更緊密地集成到一起，這導致的結果是，不僅使Java SE 6在GUI性能方面得到很大的改進，而且也大大改進了Java GUI應用程式的行為。
Java SE 6的許多新的桌面特徵都是基於JDesktop集成組件(JDIC)工程。JDIC工程使得Java應用程式能夠存取本機的OS桌面中一些可用特徵，例如瀏覽器、電子郵件編輯器、檔案類型關聯程式、系統托盤、應用程式啟動與列印等。下列是Java SE 6中一些傑出的在桌面方面的改進：
· Splash螢幕支持-Splash螢幕能夠通知一個用戶，當他在等待時一個應用程式正在啟動。Java SE 6增加了對Splash螢幕的支持-即使在JVM啟動後也可以顯示Splash螢幕。
· Java基礎類(JFC)和Swing的改進：
* Java SE 6利用了Windows API來提高性能以確保在當前以及未來的Windows版本中都能具有Windows外觀感覺。
· 系統托盤支持。Java SE 6中新增兩個新類，SystemTray和TrayIcon，包含在java.awt包中，它們允許把圖示，工具提示框和彈出選單添加到Windows或Gnome Linux系統托盤。系統托盤是由所有應用程式共享的桌面區域，通常位於這個區域的右下方。行為（Action）和事件（Event）允許Java應用程式對放到托盤上的項跟蹤滑鼠點擊並回響這些點擊。我發現這個特性對我的伺服器端應用程式也非常有用。例如，通過與桌面API(見下面)一起使用，現在我可以把一個圖示添加到系統托盤上來容易地實現為應用程式的管理HTML頁面啟動一個瀏覽器。無論什麼樣的OS(Linux或Windows)，我不再需要記住應用程式的管理連線埠或URL，只需要簡單地點擊圖示，則該頁面就會出現。
