在Portal 2中,另一人工智慧Wheatley在房間裡喚醒了Chell,並試圖帶她逃跑。但是過程中不小心啟動了GLaDOS的電源,GLaDOS把Wheatley打飛(Wheatley並沒有死),並再次讓Chell進行測試。在Chapter 4時Wheatley帶著Chell逃離了GLaDOS的實驗室(註:此時GLaDOS已經沒有了殺死Chell的念頭),並於Chapter 5時領著Chell進入了GLaDOS的機房,替換掉了GLaDOS成為了新的核心。但是Wheatley並沒有按照約定放Chell回地面,而是把GLaDOS的核心裝在了土豆電池上(PotatOS!)和Chell一起扔到了地下,落地後PotatOS被鳥叼走(所以GLaDOS對鳥有很大的心理陰影並且稱呼它們為Killer),在Chapter 6(The Fall)結尾時Chell在一個鳥窩裡發現了PotatOS並帶走。在不斷向上行進的過程中GLaDOS意識到了Caroline(Aperture Science的創始人Cave Johnson的助理)存在於自己的記憶中。並在剩餘關卡中陪伴Chell。在Chapter 9中與Chell合作,奪回了控制權,並把Wheatley“放逐”到了太空。在完成這一切後GLaDOS製造了Atlas和P-Body這兩個機器人來代替Chell進行測試並把Chell放出了實驗設施。儘管GLaDOS最後宣稱自己刪除了Caroline,但是從結尾曲《Want You Gone》的歌詞中可以了解到她並沒有這么做(Now little Caroline is in here too)。