DNA計算中的核酸序列設計研究

科研成果

序號	標題	類型	作者
1	邊連通度問題的三維DNA圖結構解法	期刊論文	方剛\|許進\|張社民\|
2	Efficient DNA sticker algorithms for DES	會議論文	Zhihua Chen,\|Xiutang Geng,\|Xu, Jin\|
3	Algorithm for elliptic curve Diffie-Hellman key exchange based on DNA tile self-assembly	會議論文	Xu, Jin\|Zhen Cheng,\|Yufang Huang,\|
4	背包問題的閉環DNA算法	期刊論文	周康\|同小軍\|許進\|
5	LVQ神經網路方法預測蛋白質結構中的二硫鍵	期刊論文	羅亮\|史曉紅\|許進\|
6	0-1整數規劃問題的半自動化DNA計算模型	期刊論文	許進\|石曉龍\|徐濤\|殷志祥\|
7	A global heuristically search algorithm for DNA encoding	期刊論文	Zhang, Kai\|Xu, Jin\|Pan, Linqiang\|
8	空中目標威脅排序的灰色聚類決策方法	期刊論文	申卯興\|王帥\|許進\|
9	Phase jitter of chirped subpicosecond solitons in a noisy optical fiber channel: Exact moment method description	期刊論文	Yi, Lin\|Xu, Jin\|Lu, Peixiang\|Chen, Shihua\|Yang, Y. H.\|
10	One-Time-Pads encryption in the tile assembly model	會議論文	Xu, Jin\|Zhihua Chen,\|
11	一種圖頂點著色DNA計算機模型	期刊論文	許進\|方剛\|周康\|強小利\|
12	基於DNA計算的指派問題	期刊論文	許進\|同小軍\|周康\|
13	基於閉環DNA模型的八皇后問題算法	期刊論文	周康\|許進\|同小軍\|
14	分子信標晶片計算在0-1整數規劃問題中的套用	期刊論文	許進\|殷志祥\|
15	A finding maximal clique algorithm for predicting loop of protein structure	期刊論文	Shi Xiaohong\|Luo, Liang\|Jin, Xu\|Yan, Wan\|
16	Improved taboo search algorithm for designing DNA sequences	期刊論文	Xu, Jin\|Geng, Xiutang\|Xiao, Jianhua\|Pan, Linqiang\|Zhang, Kai\|
17	A DNA sticker algorithm for bit-substitution in a block cipher	期刊論文	Geng, Xiutang\|Pan, Linqiang\|Xu, Jin\|
18	Prediction of pi-turns in proteins using PSI-BLAST profiles and secondary structure information	期刊論文	Wang, Yan\|Xu, Jin\|Xue, Zhi-Dong\|Shi, Xiao-Hong\|
19	A novel DNA computing model based on RecA-mediated triple-stranded DNA structure	期刊論文	Zhang, Shemin\|Dong, Yafei\|Fang, Gang\|Xu, Jin\|
20	DNA計算機原理、進展及難點(Ⅳ):論DNA計算機模型	期刊論文	許進\|范月科\|譚鋼軍\|郭養安\|
21	黑白數字圖像的有窮狀態自動機表示方法	期刊論文	潘林強\|許進\|劉光武\|
22	基於地理格線和灰色關聯的目標數據融合	期刊論文	許進\|申卯興\|劉建倉\|謝樹龍\|
23	最優指派問題DNA算法	期刊論文	周康\|同小軍\|許進\|
24	基於閉環DNA計算的最大獨立集問題的算法	期刊論文	周康\|同小軍\|許進\|劉文斌\|
25	A review on DNA computing models	期刊論文	Xu, Jin\|Tan, Gangjun\|
26	Pollard p-1因子分解的DNA計算機算法	期刊論文	許進\|李肯立\|王靜\|
27	A DNA computer model for solving vertex coloring problem	期刊論文	Zhou Kang\|Qiang Xiaoli\|Fang Gang\|Xu Jin\|
28	Pollard p-1因子分解的DNA計算機改進算法	期刊論文	王靜\|李肯立\|許進\|
29	子集和問題的O(1.414~n)鏈數DNA計算機算法	期刊論文	李仁發\|李肯立\|姚鳳娟\|許進\|
30	利用剩餘數制簡化DNA算術運算	期刊論文	許進\|李武\|鄭學東\|
31	基於閉環DNA的邊著色問題DNA算法	期刊論文	許進\|王延峰\|周康\|劉文斌\|
32	Multi-objective carrier chaotic evolutionary algorithm for DNA sequences design	期刊論文	Xu Jin\|Geng Xiutang\|Xiao Jianhua\|Pan Linqiang\|
33	基於分治的背包問題DNA計算機算法	期刊論文	李肯立\|姚鳳娟\|李仁發\|許進\|
34	求解TSP算法	期刊論文	周康\|同小軍\|強小利\|許進\|
35	Better prediction of the location of alpha-turns in proteins with support vector machine	期刊論文	Wang, Yan\|Xu, Jin\|Xue, Zhidong\|
36	基於圖的匹配方法預測蛋白質結構中的二硫鍵	期刊論文	史曉紅\|張凱\|羅亮\|王燕\|許進\|
37	A DNA sticker algorithm for bit-substitution in a block cipher	期刊論文	Xu, Jin\|Geng, Xiutang\|Pan, Linqiang\|
38	主從式並行GA的TSP問題求解	期刊論文	許進\|張海龍\|
39	求解線性規劃的單純形法的直接方法	期刊論文	許進\|申卯興\|
40	A simple simulated annealing algorithm for the maximum clique problem	期刊論文	Geng, Xiutang\|Xu, Jin\|Xiao, Jianhua\|Pan, Linqiang\|
41	A recursive molecular sticker algorithm for the maximal clique problem	期刊論文	Xiao, Jianhua\|Geng, Xiutang\|Xu, Jin\|
42	廣義α轉角的預測研究	期刊論文	史小紅\|許進\|王燕\|薛志東\|
43	DNA計算機原理、進展及難點(Ⅲ):分子生物計算中的數據結構與特性	期刊論文	郭養安\|范月科\|許進\|張社民\|
44	基於特定模數集的並行DNA算術運算	期刊論文	許進\|徐菲\|鄭學東\|
45	The optimization of DNA encodings based on GA/SA algorithms	期刊論文	Zhang, Qiang\|Wang, Wei\|Xu, Jin\|Zheng, Xuedong\|
46	賦權型自動機的不同模型研究	期刊論文	許進\|劉光武\|石曉龍\|
47	基於閉環DNA的指派問題算法	期刊論文	同小軍\|許進\|周康\|
48	Plasmid resolving the satisfiability problem with DNA computing models	期刊論文	Liu, Wenbin\|Yin, Zhi-Xiang\|Xu, Jin\|Cui, Jian-Zhong\|Shi, Xiao-Hong\|
49	最短路問題的閉環DNA算法	期刊論文	周康\|劉文斌\|同小軍\|許進\|
50	TSP的DNA計算算法	期刊論文	劉文斌\|許進\|周康\|

項目摘要

無論用於基因工程或生物計算等的研究，編碼設計不僅是首當其衝的問題，而且是最關鍵最核心的問題。然而，核酸序列編碼問題是一個困難而複雜的問題，它受到諸如相似性問題、自由能問題、解鏈溫度問題等因素的制約影響; 在DNA計算中, 還與解空間大小、解的檢測等問題的解決密切相關。本項目擬主要研究DNA計算的編碼理論、方法與算法。提出了將編碼分為基本型和綜合型兩種。目前DNA計算中的編碼主要是對基本型編碼的研究。但如何將編碼問題與解空間大小、解的檢測等問題(即綜合型編碼)聯繫起來仍未展開，而這些問題正是DNA計算中最為核心和關鍵的問題。基於此，本項目擬重點研究下列問題：①:建立較為完整的編碼理論體系；②:給出具體的編碼方法，並給出具體的編碼軟體；③:將②中的結果套用於解決以一些困難的NP-完全問題為主的實際問題，如圖的頂點著色問題、密碼破譯的DNA計算機模型。

DNA計算中的核酸序列設計研究

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