1918年3月23日,段祺瑞復任國務總理,並著手第三次組閣。 北軍占岳陽,皖系主戰派為之一振。19日,以曹輥為首、包括長江三督在內的15省三特區督軍聯名通電,要求段祺瑞組閣。馮國璋被迫請段出山,段表示不乾。
20日晚,日本公使林權助訪徐世昌,勸段祺瑞復出組閣。段祺瑞又以勝利者姿態出山。23日,任段祺瑞為國務總理的命令發表,宣告了王士珍內閣的解體。29日,段祺瑞第三次組閣,任命外交總長,陸徵祥;內務總長,錢能訓;陸軍總長,段芝貴;海軍總長,劉冠雄;教育總長,傅增湘;司法總長,朱深;農商總長,田文烈;交通意長兼財政總長,曹汝霖。這次內閣未經國會通過。