黑箱調節是把研究對象作為黑箱，通過考察和控制輸入、輸出來調節研究對象的方法。是控制論的基本方法之一。其主要程式包括：
（1）確認黑箱，即採用相對孤立原則，對被調控對象的狀態指標進行分析，略去次要項目，抓住要控制的主要內容和與之相對應的特定的輸入、輸出指標。
（2）考察黑箱，即在無人工干預的自然狀態下，或在人工干預的試驗條件下，對黑箱的輸入、輸出進行測量。
（3）闡明黑箱，即依對輸入、輸出測量的結果，判斷出輸入與輸出之間的關係，提煉為數學模型、表達出輸入與輸出之間變化的規律。
（4）控制黑箱，即依輸入與輸出之間的規律性關係，有目的地設計和控制輸入，使輸出達到特定目標值，從而使黑箱的變化達到特定的目標狀態。
中醫的辨證論治是典型的黑箱調節，應診的病人是一種不可任意打開的黑箱；中醫以藏象學說為理論指導，通過四診來考察病人黑箱，診於外斯以知其內；辨證是一種模型識別，依據症狀、體徵和主訴等“輸出”判斷出疾病的性態；施治則是給以人工設計的方藥、針灸等“輸入”，有目的地調整“輸出”；複診、調方則是根據“輸出”的變化進一步調節輸入，逐步將人體黑箱的狀態恢復到健康這一目標值。人體和疾病的複雜性決定著黑箱凋節的必要性和優越性，隨著對控制論的吸收和套用，隨著人體白箱化研究的發展和驗前知識的增加，中醫傳統的黑箱調節將更加自覺和科學。
