魏武(臨港實驗室研究員)

魏武，博士，臨港實驗室研究員，中科院計算生物學重點實驗室系統基因組學和精準健康課題組組長。

研究方向：系統基因組學；精準健康；生物信息學。

基本介紹

• 中文名：魏武
• 畢業院校：四川大學+中國科學院上海生命科學研究院

人物經歷

2017-至　 今：中國科學院-馬普計算生物學夥伴研究所，研究員

2011-2017年：史丹福大學基因組技術研究中心，生物信息學研究組長

2007-2011年：歐洲分子生物學實驗室（EMBL），博士後

2002-2007年：中國科學院上海生命科學研究院，生物信息學，博士

1998-2002年：四川大學，微生物學，學士

研究方向

通過整合分析各種高通量遺傳分子數據和表型數據，從全基因組水平上分析研究遺傳變異從DNA分子，到轉錄成RNA，以及之後經過轉錄調控翻譯成蛋白質的過程中的分子機理，理解遺傳變異（SNP，Indel）在產生表型異質性過程中的分子機制。進而整合生物醫學大數據，通過系統遺傳學研究遺傳變異在人類健康和疾病產生過程中的作用。

招生專業

0710Z2-計算生物學

100104-病理學與病理生理學

086000-生物與醫藥

招生方向

計算生物學-系統基因組學；精準健康；生物信息學

病理學與病理生理學-系統基因組學；精準健康；生物信息學

生物與醫藥-系統基因組學；精準健康；生物信息學

科研進展

1、2023年7月12日， 臨港實驗室研究員魏武與合作者在Cell 期刊發表了題為“Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex”的研究論文。

2、2023年10月16日，臨港實驗室魏武研究團隊在Nucleic Acids Research 期刊上線上發表了題為“Identification and quantification of small exon-containing isoforms in long-read RNA sequencing data”的研究論文。

3、2023年7月24日，臨港實驗室魏武研究員團隊與合作者在 Cancer Discovery上發表題為  An inflammatory checkpoint generated by IL1RN splicing offers therapeutic opportunity for KRAS mutant intrahepatic cholangiocarcinoma  的研究論文。

4、2023年7月17日，臨港實驗室魏武研究組與合作者在Nature Methods期刊線上發表了題為”Single-cell mapping of transcriptional and lineage landscape in developing mouse brain”的研究論文。

5、2024年2月20日，臨港實驗室魏武研究團隊與合作者在 Cell Discovery 線上發表了題為“Deep learning models incorporating endogenous factors beyond DNA sequences improve the prediction accuracy of base editing outcomes”的研究論文。

代表性論文

1. Wang M, Fu AS, Hu B, Tong YQ, Liu R, Liu Z, Gu JS, Xiang B, Liu JH, Jiang W, Shen GG, Zhao WX, Men D, Deng ZX, Yu LL, Wei W*, Li Y*, Liu TG*. Nanopore Targeted Sequencing for the Accurate and Comprehensive Detection of SARS-CoV-2 and Other Respiratory Viruses. Small. 2020 Jun 24;e2002169.
2. Zuo E, Sun Y, Wei W, Yuan T, Ying W, Sun H, Yuan L, Steinmetz LM*, Li Y*, Yang H*. Cytosine base editor generates substantial off-target single-nucleotide variants in mouse embryos. Science. 2019 Apr 19;364(6437):289-292.
3. Nadal-Ribelles M, Islam S, Wei W, Latorre P, Nguyen M, de Nadal E, Posas F, Steinmetz LM*. Sensitive high-throughput single-cell RNA-seq reveals within-clonal transcript correlations in yeast populations. Nat Microbiol. 2019 Apr;4(4):683-692.
4. Wei W*, Hennig BP, Wang J, Zhang Y, Piazza I, Pareja Sanchez Y, Chabbert CD, Adjalley SH, Steinmetz LM, Pelechano V*. Chromatin-sensitive cryptic promoters putatively drive expression of alternative protein isoforms in yeast. Genome Res. 2019 Dec;29(12):1974-1984.
5. Vicent Pelechano, Wu Wei, Lars M Steinmetz. Widespread co-translational RNA decay reveals in vivo ribosome dynamics. Cell. 2015 Jun 4;161(6):1400-1412.
6. Pelechano V, Wei W, Steinmetz LM. Extensive transcriptional heterogeneity revealed by isoform profiling. Nature. 2013 May 2;497(7447):127-131.
7. Xu Z, Wei W, Gagneur J, Perocchi F, Clauder-Münster S, Camblong J, Guffanti E, Stutz F, Huber W, Steinmetz LM. Bidirectional promoters generate pervasive transcription in yeast. Nature. 2009 Feb 19;457(7232):1033-1037.
8. Wei W, McCusker JH, Hyman RW, Jones T, Ning Y, Cao Z, Gu Z, Bruno D, Miranda M, Nguyen M, Wilhelmy J, Komp C, Tamse R, Wang X, Jia P, Luedi P, Oefner PJ, David L, Dietrich FS, Li Y, Davis RW, Steinmetz LM. Genome sequencing and comparative analysis of Saccharomyces cerevisiae strain YJM789. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Jul 31;104(31):12825-12830.