高等學校特種資金審計是對高等學校特種資金的來源、使用和管理審計。
其主要內容： (1)捐贈、贊助、罰沒、賠償款等收入是否正當、合理、合規，手續是否齊全，有無向有關單位或個人亂攤派或索要錢物的現象; (2)教職工居住公用房、使用學校家具等是否按規定收取租金; (3)是否按有關規定收取學雜費及學生宿舍租金，有無亂收費情況; (4)對捐、贈款的使用是否違背捐贈者的意願，對其他特種資金是否按規定專款專用; (5)各種收入是否納入學校財務部門統一管理，單位設帳核算，有無與其他資金混收混支情況; (6)經收單位是否有截留自用，濫發獎金、津貼、補貼情況或舞弊行為; (7)年終結餘是否轉下年度使用，有無年終亂支亂用或私分情況。
