體腔孔隙是具有骨骼或殼體的生物死亡後,軟體部分腐爛後留下骨骼內或殼體的孔隙,稱之為生物體腔孔隙。此類型孔隙可以很大,也可以非常細小,視原始生物骨骼或殼體的大小而定,如大型海螺的生物體腔孔非常巨大,而有孔蟲殼體上的微孔非常細小。
目前世界上已探明的石油天然氣儲量約有一半賦存在碳酸鹽岩地層的孔隙空間中,而大多數受碳酸鹽地層控制的層狀和層控型多金屬硫化物礦床也大多與碳酸鹽岩地層中的孔隙空間有關。碳酸鹽岩中的孔隙空間可劃分為原生孔隙和次生孔隙兩種主要成因類型,其中原生孔隙的形成與碳酸鹽岩的礦物成分、結構和形成條件密切相關,而次生孔隙受成岩作用的控制和改造更為強烈。