馮桂芬稅收思想是指馮桂芬重視富國,提出 “籌國用” 的思想,主張以發展生產來“裕國”。 對田賦不均的問題,他贊成宋王安石的方田均稅法,主張統一田畝度量標準,清丈土地,其應稅額以一縣應納之糧均攤於一縣之田,按畝均收,以後永不加賦。(《均賦稅議》) 對歷時數百年的蘇淞地區漕糧負擔沉重一事,提出 “折南漕”的構想,主張京師官民所需的糧食不必由官府自南方漕運接濟,蘇淞地區應解漕糧按畝折銀上繳京師,京師用糧可招商自運,或就近購買。(《校邠廬抗議·折南漕議》)
對當時內地關卡,主張“舉各關而盡撤之,以稅額入諸厘捐”。其理由是“關無善政”(《校邠廬抗議·罷關征議》)。在鹽政問題上,對明末李雯主張鹽稅“宜就場定額,一稅之後,不問其所之” 的觀點表示疑問,認為鹽政為財政收入的重要部分,可先確定稅額,但運經各關卡仍應一一納稅。