馬建忠稅收思想是指馬建忠重視商業，尤其是對外貿易，他說： “欲中國之富，莫若使出口貨多，進口貨少。” (《適可齋記言·富民說》)為鼓勵絲茶出口，他要求“減輕絲茶之厘稅”; 嚴格按照“值百抽五”的規定征課出口關稅。認為“稅輕厘減則價賤，價賤則出口貨增，出口貨增則稅厘更旺”。(《適可齋記言·富民說》) 他認為原則上應“出口貨概不徵稅”，以增加出口品的競爭能力。即使徵稅，其稅率亦不宜過高。但是， 如系“國內獨有之土產，不畏他人爭利者，則不妨於出口重征之” 。(《適可齋記言·復李伯相札議中外交官交涉儀式洋貨入內地免厘稟》) 對進口稅，他主張原則上應“重征進口貨”，以保護本國工商業的發展。
同時，進口關稅也要區別課徵。對“國內所產者少，必仰給於別國”者，可減征進口稅。對“外來製成之貨，本國亦有者，重其征以護商民”。對“有其貨為民生所必需者，則寬其征”。對“其貨惟富豪始能置者，則重其征” 。對“民雖不得不用，而究不能多用者，亦重征之”(《復李伯相札議中外交官交涉儀式洋貨入內地免厘稟》)。堅持關稅保護、反對關稅協定，力主關稅自主。對關稅征課，曾說： “稅制有通行與訂約之殊”、“稅則有估價與按物抽征之別”(《巴黎復友人書》)。對關稅課徵與外貿活動的關係有所認識。
