基本介紹
- 中文名：養殖扇貝重要經濟性狀QTL精細定位及相關基因功能研究
- 項目類別：重點項目
- 項目負責人：包振民
- 依託單位：中國海洋大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
本申請課題將通過建立低成本、高通量SNP標記分型新技術，大規模篩查分型扇貝的SNP標記，構建高精度遺傳連鎖圖譜（＜1cM），將連鎖分析和GWAS分析相結合，對扇貝生長和抗高溫脅迫性狀精細定位QTL；利用數字表達譜分析技術，開展目標性狀的eQTL定位；構建WGCNA基因網路，整合QTL、eQTL定位信息，鑑別與重要性狀相關的基因網路模組和關鍵調控基因；克隆重要功能基因及其調控區並進行功能驗證。項目將深入解析扇貝高產、抗逆性狀的分子基礎，闡明扇貝生長、發育、抗逆等生命過程中關鍵基因和基因網路的作用、效應和調控機理，探討基因或基因網路與環境因子互作對性狀的影響，為扇貝高產、抗逆品種的分子育種提供理論依據和技術支持。
結題摘要
本項目建立了新型高效全基因組標記篩查分型技術2b-RAD，解決了國際同類技術流程複雜、成本高、靈活性差等問題，論文發表於國際方法學頂級刊物 Nature Methods，為無基因組信息的非模式生物提供了成本低廉、高效穩定的全基因組SNP分型技術，使得大規模開展重要水產經濟生物性狀的精細解析和全基因組選育成為可行；提出了基於混合泊松分布模型的分型算法iML，解決重複序列干擾難題，準確率較國際算法提高20%以上，發明Domcalling分型算法，解決RAD類技術無法利用顯性標記的局限，提高分型效率40%；研發了首個可同時分析共顯性和顯性標記的軟體包 RADtyping；構建了扇貝高精度遺傳圖譜，櫛孔扇貝圖譜精度達0.41cM，為國際首張精度突破＜0.5cM的水產生物遺傳圖譜，蝦夷扇貝圖譜標記間距達0.26cM；定位生長、品質等性狀QTL 15個，鑑定到扇貝生長主效基因 Prop1、類胡蘿蔔素積累關鍵基因BCO like 1等重要性狀相關基因；解析了扇貝TGF-β、IGF等信號通路基因多態性與表達調控、表型性狀間的關係；揭示了扇貝應對高溫的級聯網路回響調控機制。項目研究建立了扇貝遺傳圖譜構建、QTL基因定位及相關分子標記輔助選擇的完整育種技術和基礎理論，推動了水產育種理論和技術的跨越發展。
