靳文菲，中國科學院上海營養與健康研究所研究員，國科大博導。原南方科技大學生物系教授/PI ，博士生導師，主要研究領域是基因組學/生物信息。國家引進海外高層次青年人才，珠江人才計畫青年拔尖，深圳市國家級領軍人才等，。
從事基因組學、腫瘤免疫、生物信息和精準醫學相關研究。發表論文50餘篇，其中以第一/通訊作者在Nature、Nature Cancer、Nature Methods、Mol Cell、 PNAS、Genome Res、 AJHG、Genome Biol 等雜誌發表論文20篇，引用大於3000次。承擔十餘項國家和省市級科研項目，包括主持4項國自然和參與 3項國家重點研發。擔任MGG的 Associate Editor。 擔任多個雜誌的編委。擔任中國生物信息學會的多個專業委員會委員。主要研究方向：1.發展和利用多種單細胞測序技術進行腫瘤微進化研究；2.生物信息學/計算生物學。
曾獲南方科技大學優秀研究生導師、致新書院優秀書院導師、NHLBI' Orloff 創新獎、NIH傑出科研獎（FARE, NIH）、Springer Theses、中科院百篇優博、Eli Lilly Outstanding Thesis、ICHG/ASHG Travel Award等十幾種榮譽。
人物經歷,教學和學生指導,研究方向,主要成就,所獲榮譽,社會任職,
人物經歷
工作經歷
2023年- 至今 中國科學院上海營養與健康研究所 研究員
2017年3月- 2023年 南方科技大學 副教授，研究員
2013 年1月- 2017年3月 美國國立衛生研究院 (NIH) 博士後研究員
合作導師：趙可吉博士
2012年1月- 2012年12月 中科院上海生科院 助理研究員
學習經歷
2006年8月- 2012年1月 中科院上海生科院計算生物所/中科院-馬普學會計算生物學夥伴研究所 博士
導師: 金力院士和徐書華研究員
2006年2月- 2006年4月 中科院上海生科院生化細胞所 本科畢業實習
指導老師: 劉默芳研究員和王恩多院士
2001年9月- 2006年7月 鄭州大學 本科
教學和學生指導
教學工作：
先後承擔本科生課程：《生物信息學》、《計算生物學》。
承擔研究生選修課程：《基因組學及數據分析》。
本科生指導：指導學生完成多項國家級大創和省級大創。指導學生參加全國大學生生命科學競賽獲省獎。近一半的學生獲得優秀畢業論文。指導本科畢業生多進入名校深造：哈佛大學、北京大學（2名）、香港大學、香港理工（2名）、哥本哈根大學、日本東北大學、南加州大學、復旦大學等。
研究生指導：
指導研究生獲研究生國家獎學金，畢業多進入華為、藥友製藥、華大等著名企業或高校任職
獲南方科技大學首屆“良師益友”優秀研究生導師，南方科技大學優秀研究生導師等榮譽。
書院導師：
作為致新書院的導師，獲優秀書院導師、最具活力導師組等榮譽。
研究方向
主要研究方向：
1）發展和利用多種單細胞測序技術分析癌細胞的雜合性和抗藥性差異， 進行腫瘤微進化研究；
2）生物信息學/計算生物學。
主要成就
研究領域及研究亮點：開發了一系列組學研究方法，尤其是單細胞測序技術和計算方法，這些方法推動了單細胞技術在更大領域內的套用。
代表論著：代表論文和預印本論文如下 (#共同一作; *通訊作者):
17. Zhou J#, Chen G#, Wang J#, Zhou B, Sun X, Wang J, Tang S, Xing X, Hu X, Zhao Y, Peng Y, Shi W, Zhao T, Wu Y, Zhong H, Hong N, Ruan Z*, Zhang Y*, Jin W*. (2023) Anti-PD-1 therapy achieves favorable outcomes in HBV-positive non-liver cancer. Oncogenesis 12:22 https://doi.org/10.1038/s41389-023-00468-0
16. Wang J#, Chen W#, Yue W, Hou W, Rao F, Zhong H, Qi Y*, Hong N*, Ni T*, Jin W*. (2022) Comprehensive mapping of alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution. PNAS 119:e2113504119. https://doi.org/10.1073/pnas.2113504119
15. Xu W#,Yang W#, Zhang Y, Chen Y, Hong N, Zhang Q, Wang X, Hu Y, Song K, Jin W*, Chen X*. (2022) ISSAAC-seq enables sensitive and flexible multimodal profiling of chromatin accessibility and gene expression in single cells. Nat Methods19:1243-1249. doi: 10.1038/s41592-022-01601-4
14. Wang X#, Shen X#, Chen S, Liu H, Hong N, Zhong H, Chen X, Jin W*. (2022) Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing. J Immunol. 208(2):396-406. https://doi.org/10.4049/jimmunol.2100581
13. Yi G, Lin Y, Lin C, Jin W*. (2021) Kssd: sequence dimensionality reduction by k-mer substring space sampling enables real-time large-scale datasets analysis. Genome Biol. 22:84. doi: 10.1186/s13059-021-02303-4
12. Qin P#, Pang Y#, Hou W#, Fu R#, Zhang Y#, Wang X#, Meng G, Liu Q, Zhu X, Hong N*, Cheng T* and Jin W* (2021) Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single cell sequencing and its medical implication. Cell Discov. 7:2. doi: 10.1038/s41421-020-00223-4
11. Han Z, Cui K, Placek K, Hong N, Lin C, Chen W, Zhao K*, Jin W*, (2020) Diploid genome architecture revealed by multi-omic data of hybrid mice. Genome Res. 30:1097-1106.
10. Wang W, Ren G, Hong N*, Jin W*. (2019) Exploring the Changing Landscape of Cell-to-Cell Variation After CTCF Knockdown via Single Cell RNA-seq. BMC Genomics. 20:1015. doi: 10.1186/s12864-019-6379-5.
9. Lai B#, Tang Q#, Jin W#, Hu G#, Wangsa D, Cui K, Stanton BZ, Ren G, Ding Y, Zhao M, Liu S, Song J, Ried T, Zhao K. (2018). Trac-looping measures genome structure and chromatin accessibility. Nat Methods. 15:741-747.
8. Lai B, Gao W, Cui K, Xie W, Tang Q, Jin W, Hu G, Ni B, Zhao K. (2018) Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing. Nature. 562:281-285
7. Ren G#, Jin W#, Cui K, Rodrigez J, Hu G, Zhang Z, Larson DR, Zhao K. (2017). CTCF-Mediated Enhancer-Promoter Interaction Is a Critical Regulator of Cell-to-Cell Variation of Gene Expression. Mol Cell 67: 1049-1058.
6. Jin W#, Tang Q#, Wan M, Cui K, Zhang Y, Ren G, Ni B, Sklar J, Przytycka T, Childs R, Levens D, Zhao K. (2015) Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples. Nature. 528:142-146
5. Jin W#, Li R#, Zhou Y, Xu S. (2014) Distribution of ancestral chromosomal segments in admixed genomes and its implications for inferring population history and admixture mapping. Euro J Hum Genet. 22:930-937.
4. Kraushaar DC#, Jin W#, Maunakea A, Abraham B, Ha M, Zhao K. (2013) Genome-wide incorporation dynamics reveal distinct categories of turnover for the histone variant H3.3. Genome Biol. 14:R121.
3. Jin W, Wang S, Wang H, Jin L, Xu S. (2012) Exploring population admixture dynamics via empirical and simulated genome-wide distribution of ancestral chromosomal segments. Am J Hum Genet. 91:849-862.
2. Jin W, Qin P, Lou H, Jin L, Xu S. (2012) A systematic characterization of genes underlying both complex and Mendelian diseases. Hum Mol Genet. 21: 1611-1624.
1. Jin W, Xu S, Wang H, Yu Y, Shen Y, Wu B, Jin L. (2012) Genome-wide detection of natural selection in African Americans pre- and post-admixture. Genome Res. 22:519-527.
所獲榮譽
2022南方科技大學優秀研究生導師
2022南方科技大學“良師益友”優秀研究生導師
2019廣東省珠江人才計畫青年拔尖人才
2018南方科技大學致新書院優秀書院導師
2018深圳市國家級領軍人才
2017深圳市孔雀計畫 B
2016美國國立心肺血液所Orloff創新獎（Orloff Innovation Awards, NHLBI）
2016美國國立衛生研究院優秀科研獎（Fellows Award for Research Excellence (FARE), NIH）
2014施普林格博士論文（Springer Theses，Springer）
2013中國科學院優秀博士論文
2012禮來聯合優秀博士論文（SIBS*Eli Lilly Outstanding Ph.D. Thesis, Eli Lilly）
2012中科院計算生物所第一作者獎
2012中國科學院研究生院優秀畢業生
2011國際人類遺傳學會和美國人類遺傳學會旅行 獎 (ICHG/ASHG Travel Award)
2011上海生科院輝瑞獎學金
2010 中國科學院地奧獎學金
社會任職
中國生物信息學會（籌）等學會的專業委員會的委員
