靖西縣水產畜牧獸醫局成立於1981年7月，前身是靖西縣畜牧水產養殖局，1990年編制幹部7人，勤雜1人。2007年獸醫管理體制改革以後，正式更名為靖西縣水產畜牧獸醫局，作為縣人民政府主管漁業、畜牧業、飼料工業、獸醫工作的行政管理部門，由事業性質改為行政管理機構。
現有編制13名，其中行政編制12名，工勤事業編制1名。設內設機構6個股室，分別是辦公室、動物防疫股（同時掛“靖西縣人民政府重大動物疫病防治指揮部辦公室”牌子）、檢疫監督股、漁業管理股、畜牧與飼料股（同時掛“靖西縣飼料工業辦公室”牌子）、獸醫醫政藥政股。下轄靖西縣動物衛生監督所、靖西縣水產漁政技術管理站、靖西縣動物疫病預防控制中心、靖西縣畜牧獸醫技術推廣總站、靖西縣畜禽品種改良站5個縣直二層機構和19個鄉鎮水產畜牧獸醫站。全局共有編制144人，在編126人，其中中級職稱48人，初級職稱36人，高級工16人。
