集美大學環境工程研究所是以集美大學食品與生物工程學院環境工程專業、食品科學與工程專業和生物工程專業，以及食品科學與工程、微生物學碩士學科學術隊伍和研究設施為基礎，以環境工程系、環境工程研究室、套用化學研究室、生命科學基礎實驗中心和廈門市食品生物工程技術研究中心為依託，從事環境科學、環境工程和環境管理等領域的綜合研究機構。
研究方向：
以“人類－環境”系統為研究對象，研究“人類－環境”系統的發生、發展、調節、控制以及改造和利用，主要研究城市、區域和工礦企業的水、氣、固體廢棄物及其它污染和生態破壞的控制和治理，以及環境規劃、環境管理等。
主要研究方向：環境監測（包括室內監測、空氣品質監測、水環境監測、海洋環境監測），污水（廢水）處理及資源化，固體廢物處理與資源化，環境規劃、管理及評價（城鄉規劃，小區規劃等），海水綜合利用，環境工程設計，企業環境管理，食品安全，等。
研究團隊：
研究學術隊伍共有31人，其中教授4人，副教授16人。具有博士學位14人，碩士學位30人，已建立了一支職稱結構、學歷結構層次較高，專業知識結構符合要求，年齡結構較為理想，綜合素質較好的研究隊伍。
主要儀器設備：
擁有精密大型儀器設備：大氣採樣器、離心式粉塵分級儀、煙塵濃度測試儀、攜帶型溶氧分析儀、COD快速測試儀、UASB、SBRR反應器系統、膜生物反應器、臭氧反應系統、充氧設備、氣相色譜(Varian)、高壓液相色譜(Waters)、紫外分光光度計(Varian)、測汞儀、高速冷凍離心機(Beckman)，常壓液相色譜(Bio-Rad)，中壓液相色譜(AKTA)，等電聚焦電泳(Pharmacia)，蛋白質電泳及電轉移裝置(Bio-Rad)，,中型膜超濾濃縮裝置(Millipore)，水分活度測定儀(HydropalmAW1)，粘度計(LVDV-E)，冷凍乾燥機(Thermo)，超低溫冰櫃(Revco)，超純水製作裝置(Millipore)，熱回流提取裝置，等先進儀器設備可用於食品與生物工程技術研究。設備總資產達1000餘萬元。
可對外提供的服務：
本所擁有優良的科研開發條件和為地方經濟社會服務的精神，願為各地政府和廣大企業提供環境監測（空氣污染監測、水污染監測、海洋環境監測、室內環境監測、食品監測）、環境規劃（小區規劃、城鄉規劃）、環境工程（水處理工程的設計、水處理工程工藝的最佳化、污水的化學處理技術、污水的生物處理技術）、企業清潔生產審核諮詢服務、企業環境管理以及科研課題的合作以及環境工程相關人才培訓的服務。
