國際、國內學術期刊上發表文章40多篇(SCI收錄4篇),近年部分文章如下:
1. Zhongjun Chen, Zhengying Li, Na Yu, Lili Yan. 2011. Expression and secretion of a single-chain sweet protein, monellin, in Saccharomyces cerevisiae by an a-factor signal peptide. Biotechnol Lett, 33(4):721-725
2. Zhongjun Chen, Cai Heng, Zhengying Li,Xinle Liang, Shangguan Xinchen. 2007. Expression and secretion of a single-chain sweet protein monellin in Bacillus subtilis by sacB promoter and signal peptide. Appl Microbio Biotechnol, 73(6): 1377-1381
3. Zhongjun Chen, Heng Cai, Fuping Lu & Lianxiang Du. 2005. High-level expression of a synthetic gene encoding a sweet protein monellin in Escherichia coli. Biotechnology Lett. 27(22): 1745–1749
4. Cai Heng, Zhongjun Chen, Lianxiang Du & Fuping Lu. 2005 Expression and secretion of an acid-stable α-amylase gene in Bacillus subtilis by SacB promoter and signal peptide. Biotechnology Lett. 27(21): 1731–1736
5. 閆麗麗,陳忠軍.糜米活性乳酸菌發酵飲料加工工藝的研究[J].農產品加工,2011,4:54-56,62
6. 于娜,陳忠軍.具有抑菌作用乳酸菌的篩選及其抑菌物質特性的研究[J].食品科技,2011,(24)5:207-211
7. 王志偉,陳忠軍.不同乳酸菌菌株對酸粥品質影響的研究[J].食品科技,2010,35(8):61-64
8. 王湘竹,陳忠軍,李春罡,劉子龍,趙晶晶. 內蒙古傳統穀物發酵食品-酸粥中益生乳桿菌的體外篩選 華北農學報, 2009,24(1):207-211
9. 陳忠軍, 王湘竹, 李春罡,于娜. 內蒙古河套地區酸粥中分離的乳桿菌的發酵特性的研究.食品科技,2009,24(10):19-22
書籍
副主編:《食品專業英語》(中國農業出版社) 2013
《發酵工程學》 (中國高等教育出版社) 2011
《釀造酒技術》 (化學工業出版社) 2008
參編: 《飲料工藝學》 第二版 (中國農業大學出版社) 2009
《食品加工技術概論》(中國農業出版社)2007
《食品加工機械與設備》(中國輕工業出版社)2004