關稅征納審計是對設在邊境、沿海口岸或國家指定的其它水、陸、空國際交往孔道的海關機構，所徵收的進口稅、出口稅、船舶噸稅、進口調節稅等的審計。
其主要內容：(1)審查征、納雙方是否依照規定自行申報繳稅和依法計征，有無逃稅、避稅等問題;(2)審查稅率的運用是否合法、適用對象是否符合有關政策和法規;(3)審查完稅價格是否符合稅法的規定，價格構成有無多計或少計金額的情況;(4)審查稅收的繳納是否按期足額入庫，對逾期不繳的，是否依法徵收滯納金;(5)審查退補稅款是否合法，退稅或追繳稅款的理由是否充足準確，退補期間是否超過規定期限; (6)審查關稅的減免是否合規，減免稅理由是否充足和有效，減免稅審批手續是否完備，有無越權審批的問題。
