2013年5月，重慶交通大學牽頭，聯合武漢理工大學、長江航道規劃設計研究院、重慶航運交易所、長江重慶航運工程勘察設計院、重慶市交通規劃勘測設計院、重慶港務物流集團有限公司、中交第二航務工程局有限公司等單位共同組建了“綠色交通與裝備技術協同創新中心”，並於2013年認定為重慶市協同創新中心。2014年5月，為積極回響“依託長江黃金水道，建設長江經濟帶，為中國經濟持續發展提供支撐”的新國家戰略，經學校黨委研究並報請重慶市教委審批，擬將“綠色交通與裝備技術協同創新中心”更名為“長江航運工程與智慧型航道技術協同創新中心”。2014年9月，重慶市教育委員會以“渝科教〔2014〕27號”文下達了“關於同意重慶交通大學‘綠色交通與裝備技術協同創新中心’更名的批覆”。
長江航運工程與智慧型航道技術協同創新中遵循“需求導向、創新引領、協同融合、開放共贏”的總體原則，按照“國家急需、世界一流、強化制度先進、突出成果貢獻”的總體要求，承接國家長江黃金水道發展的重大戰略需求，肩負長江航道發展規劃及重慶航運中心及武漢航運中心的具體建設任務，瞄準國際航運發展的科技前沿，結合我國水運科技發展的現有基礎和優勢，通過構建綠色航道建養、樞紐通航與擴能、生態港口建養、智慧型航道建設、以及航運信息與安全等五個協同創新平台和一個創新人才培養試驗區，有效推進自主創新研究和創新人才培養，破解制約長江黃金水道建設與發展的航道整治工程、擴大三峽樞紐通過能力和幹線過江通行能力、航運安全、港口建設、環境保護治理和航運服務產業升級等重大關鍵技術難題；打造重慶航運中心，形成內河航運發展智庫，創建全國內河具有影響力的航運交易中心、結算中心、信息中心和人才中心，引領內河現代航運服務體系，合力建設長江經濟帶，為中國經濟持續發展提供重要支撐。(人才培養基地\研發基地\成果推廣套用基地\航運服務基地)。
長江航運工程與智慧型航道技術協同創新中發展目標：以促進長江黃金水道建設與發展的重大任務需求為牽引，充分發揮高等學校多學科、多功能的優勢，積極聯合科研院所、大型骨幹企業等國內外創新力量，有效整合創新資源，構建集“基礎研究——套用開發——成果轉化”於一體的協同創新體，通過構建協同創新的新模式與新機制，建立多學科融合、多團隊協同、多技術集成的重大研發與套用平台;創建以任務需求為原則的協同體資源共享機制，以項目為支撐、創新為抓手，集聚和培養一批創新人才，培養寓教於研的行業領軍人物；提升長江黃金水道建設與發展的持續創新能力；促進水利工程、交通運輸等學科的快速發展；建成校企聯動的複合型創新人才培養基地；創新一批重大標誌性成果，制定長江黃金水道建設與發展系列技術新標準，形成“產學研用”全過程協調的成果轉換與社會服務體系，建成世界一流水平的內河航運技術創新中心和服務基地，早日建成“國家級協同創新中心”。
