鈍端

一些內切酶如Hae 皿和Hpa I切割產生的DNA 片段沒有黏性末端，而是平端(bluntend,也叫鈍端)。具有平端的酶切載體只能與平端的目的基因連線。T4 DNA 連線酶可催化相同和不同限制性核酸內切酶切割的平端之間的連線。

原則上講，四大組中的C小組所含限制性內切酶，只DNA切割末端附近的結構不妨礙連線，均可構成一大族平端的配伍末端，可彼此互相連線。這種連線的套用範圍很廣。平端連線比黏性末端連線要困難得多，其連線效常常增加DNA的率很低，只有黏性末端連線效率的1%，故在平端DNA片段連線工作中，濃度，同時用數倍於黏性末端連線的連線酶處理，以期獲得比較滿意的連線結果。這種連線常出現多聯體連線。