重疊型基因是指兩個或兩個以上的基因共有一段DNA序列,或是指一段DNA序列成為兩個或兩個以上基因的組成部分。重疊型基因有多種重疊方式。例如,大基因內包含小基因;前後兩個基因首尾重疊一個或兩個核苷酸;幾個基因的重疊,幾個基因有一段核苷酸序列重疊在一起,等等。
重疊型基因中不僅有編碼序列也有調控序列,說明基因的重疊不僅是為了節約鹼基,能經濟和有效地利用DNA遺傳信息量,更重要的可能是參與對基因的調控。兩個部分重疊的基因所編碼的兩個蛋白質非但大小不等,而且胺基酸也不相同。在某些真核生物病毒中也發現有重疊型基因。