酵母雙雜交體系(yeast two hybrid system)這是一種直接在細胞內外檢測蛋白質互動作用的方法。轉錄因子一般由相對獨立的DNA結合結構城(DNA binding domain,DBD) 和轉錄激活結構城(activation domain,AD) 組成。將蛋白x 的基因與DBD的基因融合形成一一個雜交體(DBD-X),將蛋白Y 的基因與AD的基因融合形成另一個雜交體(AD -Y)。當這兩個雜交體在同一細胞中表達時，由於蛋白X與蛋白Y 能相互結合，使DBD 與AD 結合在一起，形成一個完整而有活性的轉錄因子，從而激活報告基因的轉錄。在細胞中，單獨DBD 雜交體或AD 雜交體都不導致報告基因轉錄。通過檢測報告基因是否被轉錄而研究蛋白X、Y 之間的相互作用。如果將Y 改成基因文庫，那么即可直接從基因庫中篩選到能與蛋白X 相互作用蛋白的DNA 序列。
一般可以使用兩個報告基因，一個是某種胺基酸合成所必需的基因，通過該基因是否表達在選擇性培養基上篩選含有相互作用蛋白的酵母另一個基因是lacZ 基因，利用它的顏色反應對由選擇培養篩出來的陽性克隆作進一步篩選，並可通過測定顏色反應的強弱分析蛋白X、Y 間相互作用的強弱。酵母雙雜交體系可在細菌、噬菌體或酵母這些生長快速又容易操作的體系中研究哺乳動物細胞的蛋白一蛋白間的相互作用，而且通過篩選DNA 庫就可以直接找到與感興趣的蛋白相互作用的蛋白的DNA 序列。
