酵母雙雜交結構是將待研究的兩種蛋白質的基因分別克隆到酵母表達質粒的轉錄激活因子(如GAL4等)的DNA結合結構域基因,構建成融合表達載體,從表達產物分析兩種蛋白質相互作用的系統。酵母雙雜交結構的建立是基於對真核生物調控轉錄起始過程的認識。
在酵母雙雜交結構中,"誘餌"蛋白X克隆至DNA-BD載體中,表達DNA-BD/X融合蛋白;待測試蛋白Y克隆至AD載體中,表達AD/Y融合蛋白。一旦X與Y蛋白間有相互作用,則DNA-BD和AD也隨之被牽拉靠近,恢復行使功能,激活報告重組體中LacZ和HIS3基因的表達。