酶的活性部位在酶的催化機制中的作用:由於酶的活性部位與底物結合後,能使底物作用濃度相對增加,易於反應這稱為鄰近作用。使底物功能基團受酶影響,作定向轉移 (Orientation),更有利於催化作用發生;或活性部位內的催化基團提供質子或吸收質子,呈現酸鹼催化劑的作用;或形成一個以共價鍵相結合的活潑中間物,降低活化能。
酶的活性部位:有些必需基團雖然在一級結構上可能相距很遠,但在形成空間結構時彼此靠近,集中在一起,形成具有一定空間結構的區域,並能與底物特異地結合,將底物轉化為產物。這一區域,稱為酶的活性部位(Active site)。對於綴合酶來說,輔因子上某一部分的結構,往往是活性部位的組成成分。