邳州市環境保護局是市政府進行環境保護和管理的工作部門。根據《中共徐州市委、徐州市人民政府關於印發〈邳州市人民政府機構改革方案〉的通知》（徐委發[2010]31號）和《中共邳州市委、邳州市人民政府關於印發〈邳州市人民政府機構改革實施意見〉的通知》（邳委發[2010]66號）有關精神，設立市環保局，為市政府工作部門。
主要職能,內設機構,
主要職能
1、貫徹執行國家、省和市環境保護的方針政策、法律法規及環境標準，起草地方環境保護規範性檔案，會同有關部門擬定與環境保護相關的經濟、技術、資源和產業政策。
2、擬訂全市環境保護規劃和計畫；監督實施國家和省確定的重點區域、重點流域污染防治規劃和生態保護規劃；組織編制市環境功能區劃；參與擬訂本市經濟和社會發展中長期規劃、年度計畫、國土開發整治規劃、區域經濟開發規劃、產業發展規劃。
3、負責全市污染防治的監督管理；擬定全市大氣、水體、噪聲、光、固體廢物、化學品、機動車等污染防治實施方案；監督、指導、協調實施整治實施工作。
4、負責落實全市減排目標任務；組織實施全市主要污染物排放總量控制和排污許可證制度並監督管理，組織制定和實施污染減排計畫，督查、督辦、核查各機關單位部門污染物減排任務完成情況，實施全市環境保護目標責任制。
5、負責全市環境監察工作；對市管建設項目執行環境保護“三同時”制度及各種污染源排污情況實施監督檢查，對環境違法行為進行調查並依法實施處罰；依法、全面、足額徵收排污費；牽頭協調全市範圍內重大環境突發事件和生態破壞事件的調查處理；指導協調各鎮人民政府政府重大突發環境事件應急處置、預警工作；協調處理有關跨區域環境污染糾紛。
6、指導、協調、監督生態保護工作；監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；監督檢查各種類型自然保護區及風景名勝區、森林公園環境保護工作；協調指導農村生態環境保護工作。
7、負責環境監測和信息發布；組織實施環境監測制度；組織實施環境質量監測、污染源監督性監測、突發性環境污染事件應急監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，統一發布全市環境質量綜合性報告和重大環境信息；
8、開展環境保護科技工作，組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，推動環境技術管理體系建設；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展。組織對全市重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；組織開展清潔生產強制性審核。
9、組織開展環境保護宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
10、承辦市委、市政府和上級環保部門交辦的各項工作，承擔市環境保護委員會的日常工作。
內設機構
根據上述職責，市環境保護局設8個職能科室。
(一)辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案、政務公開、接待、後勤、安全、保密、信息化等工作。
(二)污染防治與總量控制科
組織實施全市污染防治工作計畫及污染物排放總量控制計畫；組織實施全市大氣、水體、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的污染防治工作；組織推行排放污染物申報登記和發放許可證；組織制定和實施污染物減排計畫;承擔環境統計和污染源普查工作。
(三)計畫財務科
組織編制全市環境保護中、長期規劃；參與制定全市經濟與社會發展中、長期規劃和計畫，國土開發整治規劃，區域經濟發展規劃；參與審核市總體規劃中的環保內容；組織編寫全市環境質量報告書及環境功能區劃工作；負責編制全市環保事業經費和專項經費預決算計畫；承辦環保系統各項經費的財務管理及審計工作。
(四) 項目審批管理科
負責全市建設項目(含非工業項目)、技改項目的環境影響報告書(表)的審批和審核上報工作；配合上級環保行政主管部門對環境影響評價持證單位進行管理；組織推行“三同時”制度，負責對市級審批建設項目“三同時”情況進行檢查督促並核准驗收。
(五)科技產業與自然保護科
組織擬定全市環境保護的經濟技術和產業政策，組織環保科研、推廣環保實用技術和清潔生產工藝；組織實施對重點企業的強制性清潔生產審核和參與其它企業的清潔生產審核及循環經濟推廣工作；指導、協調、監督全市生態保護工作和農村環境保護工作；監督管理自然保護區及風景名勝區、森林公園環境保護工作；指導農村環境綜合整治、生態示範區和生態農業建設及創建工作。
（六）環境監察與信訪科
組織協調開展全市環境監察工作；負責全市環境信訪工作。
（七）環境監測與環境應急科
組織協調開展全市環境監測工作；承擔突發性、重大環境污染與生態破壞案件的調查、處理工作，參與跨省、市界區域、流域重大環境糾紛的協調工作；負責環境污染與生態破壞事故應急回響系統的建設和管理工作。
（八）法規宣教科
組織擬定地方性環境保護管理規章；受法人委託組織環境行政案件複議和應訴工作；組織實施市長環保目標責任制考核工作；組織全市環境保護宣傳教育工作。
