中醫認為“正氣存內，邪不可乾”，所謂的“正氣”就是對病源微生物的抵抗力以及自身的調節能力和適應能力，“邪”指的是各種致病因素。
姜良鐸：中醫根據天人相應的觀點，認為自然界氣候、環境的變化對整個生態大系統有直接的影響，在正常情況下，微生物與人類能夠和諧相處，生態系統保持有序的平衡狀態。當發生自然災害、戰爭、人口大量流動以及氣候的異常波動時，整個生態系統的外環境發生了劇烈的變化，導致微生物間的生克規律發生混亂，一些病源微生物發生變異或大量繁殖，失去相對穩定性，最終導致瘟疫暴發流行。中醫認為一切外感病本質上都是人與環境的不協調造成的，人在正常情況下是有自我調節能力的，因而隨著四季寒、熱、溫、涼的變化，人體通過自身的調節與環境保持協調。當人體的調節能力下降或環境發生劇烈變化時，人與環境不能達成協調狀態就會發病。人的調節能力就是人的“正氣”。
中醫對疫病的預防就是要增強人體的正氣，那么怎樣才能增強人體的正氣呢？人的正氣主要由精氣等物質構成，《素問·金匱真言論》說：“故藏於精者，春不病溫”，可見對於精的保養十分重要，要藏精就要讓精能正常生成，而且不能過多耗散。精的生成是要靠飲食物化生的氣血不斷來充養，精、氣、血是可以相互化生的，如果氣血不足，精就無法充足。氣血要充足，首先要飲食有節，要避免飢餓，同時也不能暴飲暴食，要均衡飲食，營養全面而豐富，不能偏食。氣血的生成還有賴於臟腑功能的正常。氣血要能充養精，還必須要求氣血和順，情志暢達。不正常的情志對氣機有很大的影響，如怒則氣上，喜則氣緩，悲則氣消，恐則氣下，驚則氣亂，思則氣結。氣機逆亂，氣血津液不能正常運行，就會影響人體的健康。另一方面，要防止精的耗散，就不能過勞，包括勞心、勞神、勞身以及房勞，要做到“起居有常，不妄作勞”。概括起來說就是《素問·上古天真論》所說：“恬 虛無，真氣從之，精神內守，病安從來”。
疫病的致病邪氣毒力非常強大，正氣的抗邪能力是有一定限度的，所以避免邪氣的侵襲也是預防疫病的重要環節。《素問·上古天真論》說：“虛邪賊風，避之有時”，《素問·刺法論》強調：要“避其毒氣”。要避免疫邪的侵襲，就要講究個人衛生，對環境消毒，疫病發生後要採取隔離措施，這些在中醫古籍中都記載有具體的做法，如清代後期，鼻煙壺曾是驅逐瘟疫的工具，宮廷中的醫生常以鼻煙配方的方藥，治療鼻病和瘟疫。民間則多以芳香藥裝入小袋，佩帶身邊，懸掛於居室，以預防瘟疫。
